Decyzje w sprawach celnych i podatkowych, mimo że są ze sobą powiązane, mają charakter odrębnych postępowań, a decyzja organu podatkowego może być wydana na podstawie nieeliminowanej z obrotu prawnego decyzji celnej.

Wznowienie postępowania na podstawie art. 240 § 1 pkt 1 i 2 Ordynacji podatkowej wymaga prawomocnego wyroku sądu karnego stwierdzającego fałszywość dowodów lub przestępstwo, które bezpośrednio dotyczy podejmowania decyzji administracyjnych, a nie jedynie okoliczności faktycznych sprawy.

Jeżeli przepisy prawa spoza bezpośrednio rozumianego prawa podatkowego mają znaczenie dla powstania lub wysokości zobowiązań podatkowych, organ zobowiązany jest do ich interpretacji w ramach wydawania indywidualnych interpretacji prawa podatkowego.

Podatnik będący jednostką samorządu terytorialnego nie może zastosować prewspółczynnika wyliczonego dla jednostki budżetowej do wydatków poniesionych przez inną jednostkę organizacyjną tej samej jednostki samorządu terytorialnego przed utworzeniem jednostki budżetowej. Każda jednostka organizacyjna musi stosować prewspółczynnik wyliczony na podstawie swojej własnej działalności.

Gmina może zastosować inną metodę określenia proporcji odliczenia podatku naliczonego VAT niż przewidziana w przepisach rozporządzenia Ministra Finansów, pod warunkiem, że wykazano, iż proponowana metoda bardziej odpowiada specyfice wykonywanej działalności i dokonywanych nabyć.