W sprawach, których przedmiotem jest bezczynność organu nie można oceniać prawidłowości i zasadności wydania postanowienia o przedłużeniu terminu zwrotu różnicy podatku. Jest ono bowiem kontrolowane w odrębnym trybie, tzn. przysługuje na nie zażalenie, przewidziane w art. 274b w zw. z art. 277 Ordynacji podatkowej, a następnie skarga do sądu administracyjnego na podstawie art. 3 § 2 pkt 2 Prawa o postępowaniu

Ustalenie, że w danej sprawie miało miejsce wystawianie pustych faktur (tzn. samych dokumentów bez realnego obrotu mającego mieć z nimi bezpośredni związek) oznacza, że dobra wiara ze swej istoty nie może być uwzględniona. Nie sposób bowiem przyjąć, aby podatnik odliczający podatek z takiej faktury nie był świadomy swojego oszukańczego działania, skoro wystawieniu tego rodzaju faktury nie towarzyszy

Poziom wiedzy o charakterze transakcji poszczególnych podmiotów uczestniczących w łańcuchu dostaw może być odmienny, stąd transakcje takie należy rozpatrywać indywidualnie w stosunku do każdego uczestnika ustalając, czy podatnik, którego transakcja stanowi część łańcucha dostaw wie lub mógł się dowiedzieć, że inna transakcja, wcześniejsza lub późniejsza w stosunku do tej, która została dokonana przez