Dzień wydania postanowienia nie jest dniem zaliczenia nadpłaty, gdyż zaliczenie nadpłaty w podatku od towarów i usług, co do zasady, ze względu na treść art. 76a § 2 pkt 1 w związku z art. 73 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej następuje z dniem powstania nadpłaty.

Wydanie postanowienia o stwierdzeniu uchybienia terminu do wniesienia zażalenia nie jest dopuszczalne wyłącznie w przypadku uprzedniego przywrócenia terminu do dokonania danej czynności, gdyż w takim przypadku ustają okoliczności obligujące organ do wydania postanowienia zgodnie z art. 134 w związku z art. 144 k.p.a. Odmowa przywrócenia terminu do zaskarżenia otwiera natomiast drogę do wydania postanowienia

Zasada dwuinstancyjności postępowania podatkowego polega na tym, że każda sprawa rozpoznana i rozstrzygnięta przez organ pierwszej instancji może być w wyniku odwołania rozpoznana i rozstrzygnięta przez organ drugiej instancji. Dwukrotne rozpoznanie oznacza obowiązek przeprowadzenia dwukrotnie postępowania wyjaśniającego, gdyż przedmiotem postępowania odwoławczego nie jest weryfikacja decyzji organu