Protokół badania ksiąg jest swoistym aktem administracyjnym, którego sporządzanie jak i kwestionowanie powinno odbywać się w zgodzie z procedurą opisaną w art. 193 § 6 - 8 Ordynacji podatkowej. Dopiero wykorzystanie tego trybu postępowania daje podstawę do skutecznego kwestionowania ksiąg w określonym zakresie na dalszym etapie postępowania podatkowego. Wprowadzenie przez ustawodawcę specjalnego trybu

NSA nie jest uprawniony do konkretyzowania stanowiska strony czy domyślania się jej intencji, jak też wpływu domniemanego uchybienia na wynik sprawy.

Ciężar dowodu, a zatem wykazania, że mienie służące sfinansowaniu wydatków podatnika pochodzi z dochodów opodatkowanych lub wolnych od opodatkowania obciąża podatnika. Podatnik powinien sformułować, a następnie wykazać wiarygodność swoich twierdzeń o takim lub innym pochodzeniu mienia, oraz wskazać na środki i źródła dowodowe pozwalające organowi podatkowemu na ich weryfikację.

Gdyby faktycznie sam fakt uprzedniej karalności wykluczał w każdym przypadku pozytywną prognozę kryminologiczną, a tym samym stosowanie środków probacyjnych, czy kar wolnościowych, to niezrozumiała byłaby regulacja zawarta w art. 69 § 3 k.k., która wyjątkowo dopuszcza stosowanie warunkowego zawieszenia wykonania kary pozbawienia wolności nawet wobec sprawcy skazanego w warunkach recydywy specjalnej

Obowiązek wydania korzyści (art. 405 k.c.), gdy jej przedmiotem jest od samego początku suma pieniężna, powstaje z chwilą jej uzyskania przez wzbogaconego. Suma ta powinna być zwrócona w zasadzie według wartości nominalnej, jednak w warunkach określonych w art. 3581 § 3 k.c. sąd może zmienić wysokość świadczenia.

Możliwe jest ustalenie podstawy opodatkowania na podstawie danych uzyskanych częściowo z niezakwestionowanych przez organ ksiąg podatkowych uzupełnionych innymi dowodami uzyskanymi przez organ w trakcie postępowania.

Przyjęcie poglądu, że Skarb Państwa nie ponosi żadnych konsekwencji za niedokonanie zwrotu w określonym prawem terminie, prowadziłoby do sytuacji, w której funkcja ochronna tego terminu byłaby fikcją. Nie do zaaprobowania jest więc wynikający ze stanowiska organu pogląd, że termin zwrotu podatku podmiotowi zagranicznemu został ustanowiony jako lex imperfecta. Stanowiska takiego nie dałoby się pogodzić