W przypadku gdy podatek wynika jedynie z faktury, która nie dokumentuje faktycznego zdarzenia rodzącego obowiązek podatkowy u jej wystawcy - faktura taka nie daje uprawnienia do odliczenia wykazanego w niej podatku. Dysponowanie w tym przypadku przez nabywcę fakturą wystawioną przez zbywcę stanowi jedynie formalny warunek skorzystania z tego uprawnienia, który nie stanowi per se uprawnienia do odliczenia
Organy podatkowe orzekając na podstawie art. 99 ust. 12 u.p.t.u. obowiązane są uwzględniać podlegający odliczeniu podatek naliczony.
Przy dokonywaniu oceny zebranego materiału dowodowego organ podatkowy powinien stosować wiedzę i doświadczenie życiowe, połączone z zasadami logiki.
Granice sprawy, o których mowa w przepisie art. 134 § 1 ppsa, wyznacza treść kontrolowanego przez Sąd rozstrzygnięcia. Jedyna kwestia, którą Sąd mógł badać (w aspekcie legalności) była ocena wskazanej przez organ podstawy faktycznej i prawnej do odmowy wszczęcia postępowania.