Pomimo realizacji ex lege przed wydaniem decyzji odwoławczej unormowania art. 59 § 1 pkt 1 in initio Ordynacji podatkowej, podatnik zachowuje prawo do merytorycznego rozpatrzenia jego sprawy przez organ odwoławczy, który, dzięki temu i w tym trybie prawnym, może wydać jedną z decyzji określonych w art. 233 § 1 i § 2 Ordynacji podatkowej, w tym również taką, która umożliwi podatnikowi uzyskanie zwrotu

Zapłata podatku przed upływem okresu przedawnienia daje prawa organowi podatkowemu II instancji do wydania decyzji merytorycznej w zakresie określenia zobowiązania podatkowego.