Sprzedaż zwolniona z VAT może być dokumentowana rachunkiem niebędącym fakturą, który nie podlega obowiązkowi przesyłania przez KSeF. Odmienne stanowisko — nakazujące dokumentowanie takiej sprzedaży fakturą, a nie rachunkiem — zajmują jednak Ministerstwo Finansów oraz organy podatkowe, co powoduje, że wybór metody dokumentowania wiąże się z ryzykiem prawnym.

Zysk netto wypracowany w okresie opodatkowania ryczałtem od dochodów spółek i przekazany na kapitał zapasowy w roku objętym tym reżimem, nie uprawnia do rozpoznania kosztu podatkowego z tytułu hipotetycznych odsetek po powrocie na zasady ogólne. Prawa te nie wynikają z faktu wypracowania zysku w okresie ryczałtu.

Podatnikowi przysługuje prawo zaliczenia do kosztów uzyskania przychodów wydatków udokumentowanych fakturami wystawionymi z pominięciem systemu KSeF, pod warunkiem, że faktury te spełniają wymogi dokumentacyjne ustawy VAT i inne przesłanki uznania takich kosztów określone w ustawie o CIT.

Komornik, przy sprzedaży działek nr 1, 2, 3 i 4 w trybie egzekucji, jako płatnik VAT, jest zobowiązany do obliczenia i pobrania podatku VAT, gdyż działki te nie korzystają ze zwolnień z art. 43 ust. 1 pkt 2, 9, 10 i 10a ustawy o VAT.

Sprzedaż nieruchomości zabudowanych budynkami byłego szpitala oraz przepompownią ścieków, po upływie ponad dwóch lat od ich pierwszego zasiedlenia, korzysta ze zwolnienia z VAT na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 10 ustawy o VAT.

Zapłata Zachęty przez wynajmującego nie wpływa na zmniejszenie wartości kosztów kwalifikowanych dla potrzeb decyzji o wsparciu, zgodnie z przepisami o Polskiej Strefie Inwestycji.

Z chwilą nabycia nieruchomości mieszkalnej jako współwłasności w częściach ułamkowych przez osoby fizyczne nieposiadające wcześniej uprawnień do tego typu nieruchomości, przysługuje zwolnienie z podatku od czynności cywilnoprawnych na podstawie art. 9 pkt 17 ustawy, niezależnie od liczby sprzedających.