Metoda oszacowania zobowiązania podatkowego jest dopuszczalna, gdy przedsiębiorstwo nie dostarcza kompletnych wyjaśnień oraz wiarygodnej dokumentacji. Określenie podstawy opodatkowania w drodze oszacowania niesie za sobą ryzyko, że nie będzie dokładnie odzwierciedlało stanu rzeczywistego, jednak ryzyko to ponosi podatnik, który prowadzi ewidencję w sposób nierzetelny.

Transakcje przeniesienia znaków towarowych między powiązanymi podmiotami muszą mieć charakter rynkowy i być ekonomicznie uzasadnione, aby koszty z nimi związane mogły być uznać za koszty uzyskania przychodów. Osiągnięcie korzyści podatkowych nie jest wystarczającą podstawą do ich uznania za takie.

Przedsiębiorcy prowadzący działalność zwolnioną z podatku dochodowego zarówno na podstawie zezwolenia strefowego, jak i decyzji o wsparciu nowej inwestycji, mogą prowadzić wspólną dla nich ewidencję przychodów i kosztów.

Organ wydający indywidualną interpretację powinien dokonać analizy stanu faktycznego również przez pryzmat spełnienia przesłanek określonych w przepisach z innego zakresu, niż wyłącznie przepisy prawa podatkowego, ponieważ od nich uzależniona jest możliwość kwalifikacji określonego stanu podatkowoprawnego. Podkreśla się, że dla zrealizowania celu, jakiemu służy instytucja prawna indywidualnej interpretacji

Zmiana przepisów regulujących działalność specjalnej strefy ekonomicznej nie wpływa automatycznie na moc wiążącą wcześniej wydanych decyzji administracyjnych.

Udzielanie wzajemnych poręczeń w ramach polityki zabezpieczenia zobowiązań pomiędzy stronami porozumienia nie kreuje wartości nieodpłatnego świadczenia, podlegającego opodatkowaniu podatkiem dochodowym od osób prawnych, jeżeli na zasadzie wzajemności podmiot uzyskuje poręczenie i jest zobowiązany do jego udzielenia.