Dokonywanie ustaleń faktycznych w pierwszym rzędzie wymaga rozważenia, jakie fakty mają w sprawie znaczenie. O tym decyduje zaś prawidłowo interpretowana norma prawa materialnego. Z kolei zarzuty dotyczące niewłaściwego zastosowania prawa materialnego mogą być oceniane przez Naczelny Sąd Administracyjny wówczas, gdy stan faktyczny stanowiący podstawę wyroku został ustalony w sposób prawidłowy.

Przyjmuje się, że w sytuacji oparcia skargi kasacyjnej na obydwu podstawach ustawowych w pierwszej kolejności rozpoznaniu podlegają zarzuty dotyczące naruszenia przepisów postępowania. Dopiero po przesądzeniu, że stan faktyczny przyjęty przez sąd w zaskarżonym wyroku jest prawidłowy albo nie został skutecznie podważony, można przejść do skontrolowania subsumcji danego stanu faktycznego pod zastosowany

Ocena prawna i wskazania co do dalszego postępowania wyrażone w orzeczeniu sądu wiążą w sprawie ten sąd oraz organ, którego działanie, bezczynność lub przewlekłe prowadzenie postępowania było przedmiotem zaskarżenia.

W orzecznictwie i piśmiennictwie przyjmuje się, że dokonywana przez organ ocena dowodów odbywa się w ramach swobodnej ich oceny. Zasada swobodnej oceny dowodów jest jednym z koniecznych środków zapewniających podjęcie przez organ podatkowy rozstrzygnięcia zgodnie z rzeczywistym stanem rzeczy (prawdą obiektywną). Z zasady tej wynika, że organ przy ocenie stanu faktycznego nie jest skrępowany żadnymi