Faktura VAT daje prawo do odliczenia podatku, tylko gdy odzwierciedla rzeczywiste zdarzenia gospodarcze, w tym prawidłowość podmiotową wykonawcy.

Uzasadnione przedłużenie terminu zwrotu podatku naliczonego na podstawie art. 87 ust. 2 ustawy o VAT wymaga wykazania konkretnych i obiektywnych przyczyn oraz szczegółowego uzasadnienia, wskazującego na istotne wątpliwości wymagające dodatkowej weryfikacji. Brak takich dowodów i uzasadnień w decyzji administracyjnej stanowi naruszenie przepisów proceduralnych.

Postępowanie podatkowe nie jest dodatkową instancją dla postępowania celnego, a organy podatkowe mogą orzekać o wysokości zobowiązania podatkowego w podatku od towarów i usług z tytułu importu towarów, zanim decyzja celna stanie się ostateczna.

Transakcje udokumentowane fakturami wystawionymi przez podmioty, które jedynie pozorują działalność gospodarczą, nie mogą stanowić podstawy do obniżenia podatku należnego o podatek naliczony, a uczestnictwo w przestępczym procederze karuzelowym skutkuje utratą prawa do zwrotu podatku.

Sprzedaż nieruchomości nabytej w drodze spadkobrania, stanowiącej majątek prywatny i niewykorzystywanej w działalności gospodarczej, nie stanowi działalności gospodarczej w rozumieniu art. 15 ust. 1 i 2 ustawy o podatku od towarów i usług, a zatem nie podlega opodatkowaniu podatkiem VAT.

Podatnik będący jednostką samorządu terytorialnego nie może zastosować prewspółczynnika wyliczonego dla jednostki budżetowej do wydatków poniesionych przez inną jednostkę organizacyjną tej samej jednostki samorządu terytorialnego przed utworzeniem jednostki budżetowej. Każda jednostka organizacyjna musi stosować prewspółczynnik wyliczony na podstawie swojej własnej działalności.

Gmina może zastosować inną metodę określenia proporcji odliczenia podatku naliczonego VAT niż przewidziana w przepisach rozporządzenia Ministra Finansów, pod warunkiem, że wykazano, iż proponowana metoda bardziej odpowiada specyfice wykonywanej działalności i dokonywanych nabyć.