Organ podatkowy pomimo wprowadzonej regulacji art. 199 a § 3 O.p., nie został zwolniony z obowiązku kwalifikowania zdarzeń na gruncie prawa podatkowego oraz oceny skutków prawno-podatkowych, jakie one wywierają. Z tych też powodów, obowiązek wystąpienia do sądu powszechnego na podstawie tego przepisu powstaje jedynie wówczas, gdy zgromadzony materiał dowodowy pozostawia wątpliwości co do istnienia

Zgodnie z art.201 § 1 pkt 2 O.p. zagadnienie wstępne ma być rozstrzygane przez inny organ lub sąd. Trybunał Konstytucyjny nie jest sądem w znaczeniu powołanego przepisu. Z art.173 Konstytucji wynika, że ustawodawca wyraźnie odróżnia w ramach władzy sądowniczej sądy i trybunały jako ciała od siebie odrębne.

Przytoczenie podstaw kasacyjnych, rozumiane jako wskazanie przepisów, które zostały naruszone przez wojewódzki sąd administracyjny, nakłada na Naczelny Sąd Administracyjny, stosownie do art. 174 pkt 1 i 2 oraz art. 183 § 1 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi, obowiązek odniesienia się do wszystkich zarzutów przytoczonych w podstawach kasacyjnych.

W żadnej mierze nie można uznać za podstawę do dokonania korekty wystawionych faktur umowy cywilnoprawnej pomiędzy inwestorem, wykonawcą a podwykonawcami. Nie można bowiem na skutek zawartej umowy dokonywać zmian w zakresie już powstałych obowiązków podatkowych, korygować je, wpływać na wysokość podatku od towarów i usług. Skoro zostały wykonane usługi budowlano-montażowe, to w konsekwencji powstał