Organ podatkowy pomimo wprowadzonej regulacji art. 199a § 3 O.p., nie został zwolniony z obowiązku kwalifikowania zdarzeń na gruncie prawa podatkowego oraz oceny skutków prawno-podatkowych, jakie one wywierają. Z tych powodów, obowiązek wystąpienia do sądu powszechnego na podstawie tego przepisu powstaje jedynie wówczas, gdy zgromadzony materiał dowodowy pozostawia wątpliwości, co do istnienia stosunku

Poniesienie straty z działalności zwolnionej nie stanowi pomocy publicznej - pomocą jest jedynie zwolnienie z opodatkowania dochodów uzyskiwanych z działalności "strefowej".