Naruszenie przepisu proceduralnego może stanowić rażące naruszenie prawa w rozumieniu art. 247 § 1 pkt 3 p.p.s.a., gdy zachodzi oczywista sprzeczność między treścią przepisu a rozstrzygnięciem objętym decyzją. W przypadku przepisów o postępowaniu dowodowym podkreśla się, że za taki kwalifikowany charakter naruszenia prawa można uznać jedynie wydanie decyzji bez uprzedniego przeprowadzenia jakichkolwiek

Zgodnie z prawem, strona ma prawo do wglądu w akta sprawy, a ograniczenia tego prawa muszą zostać odpowiednio uzasadnione przez organy podatkowe, które mają obowiązek wskazać, które informacje i z jakich powodów kwalifikują jako niejawne. W przypadku dokumentów objętych tajemnicą skarbową, sąd musi wyjaśnić, dlaczego nie mogą być one ujawnione stronie.

Organ podatkowy ma prawo odmówić podatnikowi prawa do odliczenia podatku naliczonego, jeżeli obiektywne przesłanki wskazują, że podatnik wiedział lub powinien był wiedzieć, że transakcja, której dotyczyło odliczenie, wiązała się z przestępstwem lub nadużyciem.

W postępowaniu, którego przedmiotem jest ograniczenie poboru zaliczek na podatek dochodowy od osób fizycznych, nie ma obowiązku przeprowadzenia pełnego postępowania dowodowego. Uprawdopodobnienie, że zaliczki obliczone według zasad określonych w ustawach podatkowych byłyby niewspółmiernie wysokie, spoczywa na stronie inicjującej to postępowanie.

Dotyczy braku prawa do odzyskania podatku VAT w związku z realizacją projektu.