Jak dokonać korekty, gdy podatnik wystawił fakturę końcową, a pominął fakturę zaliczkową

Spółka otrzymała w październiku zaliczkę na dostawę towarów w wysokości 40% wartości zamówienia. Nie została wystawiona faktura zaliczkowa. W listopadzie dokonano sprzedaży towarów i wystawiono zwykłą fakturę sprzedaży na całość zamówienia bez uwzględnienia zaliczki. Faktura została wysłana do klienta. Zgodnie z przepisami ustawy o VAT w październiku powinna powstać faktura zaliczkowa, a w listopadzie faktura końcowa uwzględniająca kwotę zaliczki. System księgowy, z którego korzysta spółka, nie pozwala na wystawienie faktury korygującej przekształcającej fakturę sprzedaży w fakturę zaliczkową. Czy w zaistniałej sytuacji można wystawić fakturę korygującą „do zera” i wystawić fakturę zaliczkową oraz fakturę końcową? Jeżeli nie można tak postąpić, to czy w jakiś inny sposób można ten błąd naprawić?