Jak odliczać VAT w przypadku sporu co do wysokości należności wykazanej na fakturze

W maju 2015 r. spółka zawarła umowę o roboty budowlane dotyczące przebudowy budynku biurowego. Spółka zlecała poszczególne zakresy robót innym firmom. Jedną z nich była firma A, która w styczniu 2016 r. wystawiła fakturę za wykonane roboty niezgodnie ze stanem faktycznym w kwocie brutto 492 000 zł, w tym VAT - 92 000 zł. Faktura została zakwestionowana przez spółkę i odesłana do firmy A, ponieważ nie dokumentowała stanu faktycznego. W ocenie spółki faktura została wystawiona na całą wartość umowną, mimo że roboty nie zostały wykonane w całości. Doszło do sporu sądowego. Zgodnie z wyrokiem sądu w marcu 2018 r. została wpłacona firmie A zasądzona kwota 442 800 zł. Jednocześnie spółka zwróciła się pisemnie do firmy A o przysłanie faktury na wskazaną w wyroku sądowym kwotę. W odpowiedzi firma A przysłała duplikat wymienionej faktury w niezmienionej wysokości, a więc w wysokości niezgodnej z wyrokiem. Z tego względu otrzymane dokumenty zostały wprowadzone przez spółkę do ewidencji w ten sposób, aby ogólna wartość netto i brutto była zgodna z wyrokiem sądowym i odpowiadająca rzeczywistej wartości wykonanych robót, tj. otrzymany duplikat faktury został przez spółkę pomniejszony zarówno w kwocie netto, jak i w podatku VAT o kwotę nieodpowiadającą wyrokowi sądowemu, i wprowadzona do ewidencji w niższych wartościach, niż to wynika z faktury. W efekcie do odliczenia spółka przyjęła podatek VAT od kwoty netto 360 000 zł odpowiadającej faktycznie wykonanym robotom budowlanym i wskazanej w wyroku sądowym, tj. w kwocie 82 800 zł. Czy spółka miała prawo przyjąć faktury i wykazać w rejestrze VAT naliczonego, kwoty netto oraz podatku VAT w części odpowiadającej wartości wykonanej usługi, nie uznając całej wartości faktury wystawionej przez usługodawcę - wystawcę faktury?