Środki z FGŚP przyznane jako dofinansowanie wynagrodzeń stanowią przychód podatkowy, jednakże środki te w przypadku działalności strefowej kwalifikowane są jako przychody z działalności prowadzonej w specjalnej strefie ekonomicznej i są wolne od podatku dochodowego od osób prawnych na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy o PDOP.
Ustalenie, czy uzyskane na podstawie art. 15gga ustawy o COVID-19 dofinansowanie stanowi przychód podatkowy oraz możliwości zaliczenia do kosztów uzyskania przychodów wydatków na wynagrodzenia pracowników pokrytych tym dofinansowaniem.
Ustalenie, czy praca zdalna wykonana przez pracowników podczas pandemii COVID-19 oraz praca zdalna wykonana przez pracowników po pandemii COVID-19 powoduje niemożnośc korzystania z zwolnienia przedmiotowego z SSE
Ustalenie czy zwolnieniu z art. 17 ust. 1 pkt 34 CIT, będzie podlegał cały dochód z realizacji działalności wskazanej w Zezwoleniu, w przypadku realizacji przez pracowników pracy w systemie zdalnym lub w systemie hybrydowym w okresie trwania stanu epidemii i zagrożenia epidemicznego oraz po ustaniu stanu zagrożenia epidemicznego.
Z uwagi na to, że zapomoga została wypłacona z innego źródła niż z funduszu socjalnego, zakładowego funduszu świadczeń socjalnych, z funduszy związków zawodowych lub zgodnie z odrębnymi przepisami wydanymi przez właściwego ministra, to korzysta ze zwolnienia na podstawie art. 21 ust. 1 pkt 26 lit. b ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych, tj. do wysokości 10 000 zł.