Przy ustalaniu wskaźnika dochodowości z art. 24ca ust. 1 pkt 2 ustawy o CIT odesłanie do dochodu określonego zgodnie z art. 7 ust. 1 obejmuje regułę z art. 7 ust. 3 tej ustawy. Dlatego przychodów, kosztów i dochodów zwolnionych z CIT na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34 i 34a nie uwzględnia się w kalkulacji tego wskaźnika.

Przychody i koszty z odpłatnego zbycia w ramach faktoringu wierzytelności własnych, powstałych nawet z działalności korzystającej ze zwolnienia na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34 lub 34a ustawy o CIT, nie są objęte tym zwolnieniem, gdyż faktoring stanowi odrębne zdarzenie gospodarcze. Przychody te kwalifikuje się jako opodatkowane i uwzględnia w ogólnej kwocie przychodów przy proporcjonalnej alokacji

Wsparcie inwestycyjne otrzymane od dostawcy materiałów na podstawie odrębnej umowy partnerskiej, choć przeznaczone na rozbudowę zakładu prowadzącego działalność objętą zezwoleniem SSE, nie stanowi przychodu wpływającego na dochód zwolniony z art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy o CIT, jeżeli jego związek z działalnością strefową ma jedynie pośredni charakter i nie jest nieodłącznym następstwem tej działalności

W świetle art. 15c ustawy o CIT, przy określaniu limitu kosztów finansowania dłużnego, uwzględnia się wszystkie przychody podatkowe, w tym te które są zwolnione z opodatkowania, o ile wynikają z działalności podlegającej regulacji ustawy o CIT.

Środki z Funduszu Gwarantowanych Świadczeń Pracowniczych, otrzymane jako dofinansowanie wynagrodzeń pracowników związanych z działalnością strefową, są uwzględniane w kalkulacji dochodu zwolnionego z CIT na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy o CIT, w świetle szczególnych warunków stworzonych przez pandemię COVID-19.

Dofinansowanie wynagrodzeń pracowników otrzymane z Funduszu Gwarantowanych Świadczeń Pracowniczych, w następstwie spadku obrotów gospodarczych spowodowanych pandemią COVID-19, stanowi przychód z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie specjalnej strefy ekonomicznej i korzysta ze zwolnienia podatkowego na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy o CIT.

Przychód powstały z tytułu zasądzonego odszkodowania za szkodę nie stanowi dochodu zwolnionego z opodatkowania na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy o CIT, lecz powinien być rozliczany w momencie faktycznego otrzymania środków pieniężnych.

Koszty wdrożenia Oprogramowania, z wyłączeniem kosztów operacyjnych i bieżącego utrzymania, jako usługi związane z jego przystosowaniem, zwiększają wartość początkową WNP, podlegającą amortyzacji podatkowej zgodnie z art. 16g ust. 3 ustawy o CIT; jednocześnie mogą być one zaliczone do kosztów kwalifikowanych inwestycji zgodnie z § 8 ust. 1 pkt 4 rozporządzenia WNI.

Moment utraty prawa do zwolnienia podatkowego wynikającego z decyzji o wsparciu i zezwolenia w SSE następuje z dniem złożenia przez przedsiębiorcę wniosku o stwierdzenie ich wygaśnięcia.

Kary umowne za opóźnienia w dostawie towaru, które nie wynikają z wad towaru, mogą być uznane za koszty uzyskania przychodów, o ile są ponoszone w celu zachowania lub zabezpieczenia źródła przychodów i spełniają warunki art. 15 ust. 1 ustawy o CIT.

Straty wynikające z likwidacji nie w pełni umorzonych środków trwałych (X i Innych Strefowych Środków Trwałych) nie stanowią wyłączenia z kosztów uzyskania przychodów, o ile nie są skutkiem zmiany rodzaju prowadzonej działalności, co umożliwia ich zaliczenie do kosztów uzyskania przychodów działalności pozastrefowej według zasad ogólnych (art. 16 ust. 1 pkt 6 ustawy o CIT).

Wynik podatkowy ze sprzedaży narzędzi do Centrali, jako odrębnego podmiotu, nie kwalifikuje się jako zwolniony od podatku na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy o CIT, gdyż nie wynika z działalności strefowej, co skutkuje koniecznością jego opodatkowania na zasadach ogólnych.

Środki uzyskane z FGŚP przez podatnika prowadzącego działalność gospodarczą na terenie SSE, w związku z dofinansowaniem wynagrodzeń pracowników, stanowią dochód zwolniony z podatku CIT na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy o CIT jako bezpośrednio związane z działalnością strefową.

Dofinansowania do wynagrodzeń z FGŚP przyznane na podstawie art. 15gg ustawy o COVID-19, związane z działalnością na terenie SSE, mogą stanowić dochód zwolniony z opodatkowania CIT zgodnie z art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy o CIT, jeśli wykazano ścisły związek z działalnością objętą zezwoleniem.

Dofinansowanie wynagrodzeń pracowników ze środków FGŚP stanowi przychód podatkowy. Jednakże, kiedy związane jest z działalnością na terenie specjalnej strefy ekonomicznej, może to być przychód zwolniony z opodatkowania na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy o CIT, gdyż jest związany z działalnością prowadzoną w ramach strefy.

Brak możliwości określenia wartości dostępnego zwolnienia podatkowego przed terminem złożenia zeznania zwalnia spółkę z obowiązku kalkulacji i wpłaty zaliczek na CIT dla dochodów związanych z działalnością na zasadach decyzji o wsparciu.

Dofinansowanie otrzymane na podstawie art. 15g i 15gg Ustawy o COVID-19, w zakresie wynagrodzeń pracowników związanych z działalnością strefową, stanowi przychód zwolniony z podatku dochodowego. Wpływy z działalności pozastrefowej stanowią przychód podlegający opodatkowaniu podatkiem dochodowym na zasadach ogólnych.

Stwierdzenie wygaśnięcia zezwolenia na działalność w SSE zgodnie z art. 19 ust. 5 pkt 3 UoSSE, nie obliguje do zwrotu pomocy publicznej. Po wygaśnięciu zezwolenia, spółka, spełniając wymogi, może wybrać opodatkowanie ryczałtem od dochodów spółek (tzw. „CIT estoński”) w bieżącym roku podatkowym.

Wynagrodzenie otrzymane za zobowiązanie się do wyłącznego zakupu komponentów od kontrahenta nie stanowi przychodu zwolnionego z opodatkowania na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy o CIT, jako że nie jest bezpośrednim następstwem działalności gospodarczej prowadzonej na terenie specjalnej strefy ekonomicznej zgodnie z zezwoleniem.

Usługi wsparcia sprzedaży nabywane od podmiotów powiązanych od 1 stycznia 2019 r. podlegają limitowaniu w zaliczaniu do kosztów uzyskania przychodów na mocy art. 15e ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych jako usługi podobne do doradczych. Ograniczenia nie obejmują kosztów uwzględnianych w działaniach strefowych wolnych od podatku.

Dochodów uzyskanych z nowej inwestycji realizowanej na terenie określonym decyzją o wsparciu, do momentu jej zakończenia, nie obejmuje zwolnienie od CIT przewidziane w art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o CIT; stanowią one przychody z działalności opodatkowanej wraz z kosztami, które mogą być rozliczane na zasadach ogólnych.

Przychody i koszty uzyskania związane ze sprzedażą oprzyrządowania, służącego produkcji wyrobów zwolnionych, stanowią element kalkulacyjny zwolnionej działalności gospodarczej na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34 i 34a ustawy o CIT, o ile działalność ta jest bezpośrednio powiązana z działalnością prowadzoną na terenie strefy w oparciu o uzyskane zezwolenia/ decyzje.

Koszty uzyskania przychodu ponoszone przez spółkę w związku z zamkniętą dywizją w specjalnej strefie ekonomicznej, po formalnym wygaśnięciu zezwoleń, mogą być kwalifikowane jako koszty działalności opodatkowanej, z wyłączeniem amortyzacji budynku i strat niezamortyzowanych środków trwałych, które utraciły przydatność gospodarczą. Wygaśnięcie zezwolenia jest jednoznaczne z momentem złożenia wniosku

Nakłady związane z zakupem i montażem instalacji fotowoltaicznej, które nie zostały określone w dokumentacji PSI jako część nowej inwestycji, nie mogą być traktowane jako koszty kwalifikowane do objęcia pomocą publiczną w formie zwolnienia podatkowego, gdyż nie przyczyniają się do zwiększenia zdolności produkcyjnych ani do dywersyfikacji produkcji.