Odszkodowanie z tytułu przymusowego wywłaszczenia nieruchomości na rzecz Skarbu Państwa nie korzysta ze zwolnienia z podatku dochodowego od osób prawnych, zgodnie z art. 2 ust. 1 pkt 1 ani art. 17 ust. 1 pkt 1 ustawy o CIT, gdyż nie jest to przychód z działalności rolniczej ani dochód z tytułu sprzedaży nieruchomości.

Przeniesienie z nakazu organu władzy publicznej prawa własności nieruchomości zabudowanej w zamian za odszkodowanie stanowi czynność zwolnioną od podatku VAT na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 10 oraz art. 29a ust. 8 ustawy o podatku od towarów i usług, jeżeli od pierwszego zasiedlenia upłynęło ponad 2 lata, a nieruchomość nie była ulepszana w stopniu określonym w art. 2 pkt 14 ustawy.

Koszty działań organizacyjnych, finansowych i korporacyjnych, obejmujące m.in. doradztwo ogólne oraz inne koszty operacyjne projektów infrastrukturalnych, nie mogą być uznane za koszty prac rozwojowych na podstawie art. 15 ust. 4a ustawy o CIT, jeżeli nie polegają one bezpośrednio na tworzeniu nowych produktów, procesów lub usług.

Z uwagi na brak możliwości precyzyjnego określenia wartości dostępnego zwolnienia podatkowego przed udzieleniem pomocy publicznej, podatnik nie jest zobowiązany do kalkulacji i wpłaty zaliczek na CIT za dochody z działalności objętej wsparciem w specjalnej strefie ekonomicznej.

Momentem uznania poniesionych wydatków za koszty kwalifikowane do objęcia pomocą publiczną w postaci zwolnienia podatkowego jest moment faktycznej zapłaty zgodnie z metodą kasową, za wyjątkiem zaliczek, które stają się kosztami kwalifikowanymi po uiszczeniu całkowitej ceny zakupu środków trwałych.

Moment rozpoznania poniesionych wydatków na nowe inwestycje jako kosztów kwalifikowanych do zwolnienia podatkowego w PDOF, zgodnie z przepisami, powinien być oparty na metodyce kasowej, z zastrzeżeniem uznania zaliczek dopiero po uiszczeniu pełnej ceny wynikającej z zobowiązań umownych.

Koszty wdrożenia Oprogramowania, z wyłączeniem kosztów operacyjnych i bieżącego utrzymania, jako usługi związane z jego przystosowaniem, zwiększają wartość początkową WNP, podlegającą amortyzacji podatkowej zgodnie z art. 16g ust. 3 ustawy o CIT; jednocześnie mogą być one zaliczone do kosztów kwalifikowanych inwestycji zgodnie z § 8 ust. 1 pkt 4 rozporządzenia WNI.

Moment utraty prawa do zwolnienia podatkowego wynikającego z decyzji o wsparciu i zezwolenia w SSE następuje z dniem złożenia przez przedsiębiorcę wniosku o stwierdzenie ich wygaśnięcia.

Zapłata Zachęty przez wynajmującego nie wpływa na zmniejszenie wartości kosztów kwalifikowanych dla potrzeb decyzji o wsparciu, zgodnie z przepisami o Polskiej Strefie Inwestycji.

Dochody uzyskane z działalności prowadzonej na terenie i w zakresie wskazanym w decyzjach o wsparciu mogą korzystać ze zwolnienia podatkowego, mimo niepełnego wykorzystania limitu pomocy publicznej z wcześniejszej decyzji, zgodnie z metodą kasową, pod warunkiem przestrzegania zasad chronologii decyzji, tak jak określono w art. 17 u.p.d.o.p. oraz rozporządzeniu w sprawie nowych inwestycji.

Przychody z tytułu odpłatnego zbycia wierzytelności w ramach umowy faktoringowej oraz związane z nimi koszty uzyskania przychodów należy traktować jako przychody i koszty działalności opodatkowanej, nieujęte w wyniku działalności zwolnionej z CIT na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o CIT.

Koszty nowej inwestycji, uzasadnione przed wydaniem decyzji o wsparciu i związane bezpośrednio z realizacją nowej inwestycji, mogą być uznane za kwalifikowane i wolne od opodatkowania dochodowego, pod warunkiem, że dochody wynikają z działalności objętej decyzją o wsparciu. Zwolnienie dotyczy adekwatnych dochodów uzyskanych po poniesieniu takich kosztów.

Dochody z działalności gospodarczej osiągnięte z realizacji nowej inwestycji, gdzie montaż produktów stanowi integralną część procesu produkcyjnego, mogą korzystać z podatkowego zwolnienia na podstawie decyzji o wsparciu, mimo że montaż wykonywany jest poza określonym terenem wsparcia.

Nie jest możliwe uznanie wydatków na maszyny do produkcji nowych komponentów za koszty kwalifikowane nowej inwestycji definiowanej jako zwiększenie zdolności produkcyjnej istniejącego zakładu; stąd dochód z ich sprzedaży nie może korzystać ze zwolnienia podatkowego na podstawie decyzji o wsparciu.

Koszty nabycia instalacji fotowoltaicznej jako funkcjonalnej części nowej inwestycji mogą być uznane za koszty kwalifikowane, wpływające na pomoc publiczną w formie zwolnienia podatkowego, pomimo braku bezpośredniego uwzględnienia w decyzji o wsparciu.

Wydatek na nabycie instalacji fotowoltaicznej, jako element zintegrowany z nową inwestycją, stanowi koszt kwalifikowany, wpływając na kalkulację pomocy publicznej zgodnie z art. 21 ust. 1 pkt 63b ustawy o PIT, pomimo braku kodu PKWiU związanego z energią w decyzji o wsparciu.

Wydatki na instalację fotowoltaiczną mogą być uznane za koszty kwalifikowane nowej inwestycji, jeżeli mają funkcjonalne powiązanie z inwestycją i wspierają energetyczne cele infrastrukturalne, nawet jeśli nie są bezpośrednio związane z procesem produkcyjnym.

Koszty związane z dodatkowymi czynnościami pomocniczymi, transportem i przechowywaniem wyrobów, mogą być uznane za jedną działalność zwolnioną. Wynagrodzenie z projektów kompleksowych może być częściowo zwolnione przy użyciu proporcji przychodów zwolnionych. Koszty wspólne powinny być alokowane przy użyciu klucza przychodowego.

Wykonanie przez podwykonawców całego procesu produkcyjnego wyklucza możliwość przypisania wyrobom zwolnienia podatkowego wynikającego z art. 21 ust. 1 pkt 63b ustawy PIT; zwolnienie przysługuje jedynie dochodom uzyskanym z bezpośredniej działalności podatnika na terenie określonym decyzją o wsparciu.

Nieuzyskanie dochodu w ramach inwestycji określonej w decyzji o wsparciu, skutkujące niekorzystaniem ze zwolnienia na mocy art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o p.d.o.p., umożliwia zastosowanie wyłączenia z obowiązku sporządzania lokalnej dokumentacji cen transferowych zgodnie z art. 11n pkt 1 ustawy o p.d.o.p.

Podatnik uzyskuje prawo do korzystania ze zwolnienia podatkowego na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o CIT od miesiąca, w którym zrealizowana inwestycja zacznie generować przychód, niezależnie od wcześniejszego ponoszenia kosztów kwalifikowanych.

Dochody uzyskane ze sprzedaży wyrobów gotowych, powstałych przy udziale podwykonawców, są objęte zwolnieniem, o którym mowa w art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o CIT, jeżeli usługi te mają charakter pomocniczy, a główna działalność gospodarcza odbywa się w miejscu nowej inwestycji objętego decyzją o wsparciu.

Podatek od nieruchomości, mimo decyzji obarczającej współwłaścicieli, może zostać zaliczony w całości do kosztów uzyskania przychodów przez tego z małżonków, który ponosi ciężar podatku i wykorzystuje nieruchomość w działalności gospodarczej.

Cena zakupu netto nieruchomości od podmiotu powiązanego, w ramach decyzji o wsparciu nowej inwestycji, może być uznana za koszt kwalifikowany, zgodnie z § 8 ust. 1 pkt 1 Rozporządzenia o WNI, jeśli spełnia wymogi kwalifikowalności przewidziane w przepisach podatkowych.