Odliczenie VAT naliczonego z faktur wystawionych poza KSeF jest możliwe, jeżeli spełnione są określone przesłanki, a brak użycia KSeF nie wpływa na możliwość odliczenia, co nie jest przesłanką negatywną w rozumieniu art. 88 ustawy o VAT.

Faktury zaliczkowe powinny odzwierciedlać wartość usług przypadającą na odpowiedni okres rozliczeniowy. Zmiana umowy wpływająca na przyszłe wynagrodzenie nie wymaga korekty faktur zaliczkowych, a ostatnia faktura zaliczkowa zamykająca całą transakcję powinna zawierać numery poprzednich faktur dotyczących tego okresu rozliczeniowego.