Podatnik VAT świadczący opodatkowane usługi transportu publicznego ma prawo odliczyć pełną kwotę podatku VAT naliczonego od wydatków, pomimo powiązania z rekompensatą, o ile wydatki te służą wyłącznie działalności gospodarczej opodatkowanej, zgodnie z art. 86 ust. 1 ustawy o VAT.

Rekompensata otrzymywana przez spółkę od gminy za wykonywanie zadań w zakresie przewozu osób nie stanowi podstawy opodatkowania VAT, ponieważ nie jest związana bezpośrednio z ceną usług. Spółka nie ma obowiązku wystawiania faktur VAT, lecz możliwe jest dokumentowanie rekompensaty notą księgową.