Pomoc publiczna związana z kosztami energii i gazu ziemnego przyznana w ramach SSE jest przychodem zwolnionym z podatku dochodowego od osób prawnych na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34 Ustawy CIT, ale rekompensaty spoza tej działalności są opodatkowane zgodnie z ogólnymi zasadami.

Obowiązek naliczania i odprowadzania podatku akcyzowego od energii elektrycznej zakupionej, a także wytworzonej i zużytej na własne potrzeby; prawidłowość rozliczenia zaległego podatku akcyzowego w deklaracjach korygujących; obowiązek zapłacenia odsetek od zaległości podatkowych.

Opodatkowanie, określenie stawki oraz momentu powstania obowiązku podatkowego dla wpłat dokonywanych przez mieszkańców w związku z realizowanym projektem, opodatkowanie otrzymanej dotacji na realizację instalacji OZE, prawa do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego w związku z realizacją projektu oraz opodatkowanie otrzymanej dotacji na realizację usługi nadzoru inwestorskiego