Czynności wykonywane pomiędzy Fundacją a jej wewnętrznymi Zakładami (Ośrodkiem i Przedszkolem) mają charakter wewnętrzny, są nieopodatkowane VAT, ponieważ nie są wykonywane przez odrębne podmioty prawa, lecz stanowią integralną część wewnętrznej struktury organizacyjnej Fundacji.

W kontekście art. 86 ust. 1 ustawy o VAT, podatnikowi przysługuje prawo do odliczenia VAT z faktur za usługi i koszty związane z transakcjami inwestycyjnymi, o ile te transakcje pośrednio wspierają działalność opodatkowaną VAT podatnika.

Dochód Fundacji Rodzinnej z tytułu nabycia mienia w drodze darowizn od spadkobierców Fundatora po jego śmierci jest zwolniony z opodatkowania podatkiem dochodowym od osób prawnych, gdyż nie stanowi działalności gospodarczej wykraczającej poza dozwolony zakres dla fundacji rodzinnych.

Usługi, które nie spełniają ustawowych kryteriów opodatkowania według preferencyjnej stawki VAT, podlegają opodatkowaniu stawką podstawową, z uwzględnieniem definicji zawartych w ustawie o podatku od towarów i usług oraz w zgodzie z celem i kontekstem ekonomicznym tych usług.

Udział wspólnika będącego fundatorem i Prezesem Zarządu fundacji, który nie uzyskuje z tego tytułu korzyści majątkowych, nie uniemożliwia spółce stosowania ryczałtu od dochodów spółek na podstawie art. 28j ust. 1 pkt 4 ustawy o CIT. Sytuacja ta nie spełnia negatywnych przesłanek wykluczających z opodatkowania estońskim CIT.

Zwolnienie z CIT fundacji rodzinnej z tytułu sprzedaży lokalu w budynku na gruncie otrzymanym darowizną nie obejmuje mienia wytworzonego przez fundację będącego przedmiotem dalszego zbycia, co wykracza poza art. 5 ustawy o fundacji rodzinnej i art. 6 ust. 7 ustawy o CIT. Fundamentem jest cel stworzenia fundacji, który jest niezgodny z działalnością deweloperską.

Świadczenia wypłacane beneficjentom Fundacji Rodzinnej z zysków fundacji są zwolnione z podatku dochodowego od osób fizycznych w zakresie proporcji mienia wniesionego przez fundatorów, a nie ze środków wypracowanych przez fundację.

Przeniesienie środków majątkowych przez fundatora do Fundacji Rodzinnej, w szczególności na pokrycie funduszu założycielskiego, nie powoduje powstania po stronie fundatora przychodu podlegającego opodatkowaniu podatkiem dochodowym od osób fizycznych.

Usługi sportowe świadczone przez fundacje działające na rzecz promocji sportu objęte są zwolnieniem VAT, jeśli są nieodpłatne lub ich dochody przeznaczane są na doskonalenie świadczonych usług, zgodnie z art. 43 ust. 1 pkt 32 ustawy o VAT.

Dochód fundacji częściowo przeznaczany na koszty działalności gospodarczej, nawet jeśli ostatecznie przewidziany na cele statutowe, nie kwalifikuje się do zwolnienia z CIT zgodnie z art. 17 ust. 1 pkt 4 ustawy o CIT, gdyż nie jest on faktycznie i bezzwłocznie wydatkowany na te cele.

Usługi ściśle związane ze sportem świadczone przez fundację w formie klubu sportowego, nie nastawionego na osiąganie zysków, mogą korzystać ze zwolnienia z VAT na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 32 ustawy o podatku od towarów i usług, pod warunkiem ich konieczności do organizowania i uprawiania sportu oraz świadczonego nieodpłatnie uczestniczenia w wychowaniu fizycznym.

Usługi organizacji zajęć sportowych oraz obozów sportowych świadczone przez Fundację, jako ściśle związane ze sportem i spełniające warunki podmiotowe oraz przedmiotowe, podlegają zwolnieniu z VAT stosownie do art. 43 ust. 1 pkt 32 ustawy o VAT, gdyż są niezbędne do uprawiania sportu.

Fundacja, jako płatnik podatku dochodowego od stypendiów, ma obowiązek wystawiania PIT-11, natomiast nie musi pobierać zaliczek, jeśli student złoży odpowiedni wniosek. W kontekście rezydencji podatkowej cudzoziemców pozwala się na stosowanie oświadczeń, przy założeniu ich zgodności z przepisami Ustawy o PIT, bez wymogu certyfikatów rezydencji, chyba że stosuje się umowy o unikaniu podwójnego opodatkowania

Usługi treningów personalnych świadczone przez fundację korzystają ze zwolnienia od VAT jako ściśle związane ze sportem. Zwolnienie nie obejmuje usług rehabilitacyjnych i podobnych, które nie spełniają warunków ustawowych, nie stanowiąc usług ściśle związanych ze sportem w rozumieniu art. 43 ust. 1 pkt 32 ustawy o VAT.

Wypłata zatrzymanych zysków zysków przez spółkę przekształconą na rzecz wcześniejszych wspólników, a po przekształceniu niewłaścicieli udziałów, nie podlega wyłączeniu z opodatkowania jako przychody z kapitałów pieniężnych, ale stanowi przychód z innych źródeł, obciążając spółkę obowiązkiem informacyjnym.

Usługi sportowe świadczone przez fundację prowadzącą działalność statutową w zakresie wspierania sportu mogą korzystać ze zwolnienia od VAT, o ile spełnione są warunki art. 43 ust. 1 pkt 32 ustawy o VAT, przy braku działalności marketingowej oraz przeznaczeniu zysków na rozwój działalności.

Darowizna przedsiębiorstwa na rzecz fundacji rodzinnej nie generuje przychodu podatkowego po stronie fundatora, gdyż nie spełnia definicji przychodu jako wartości majątkowych lub świadczeń otrzymanych z ekwiwalentem, zgodnie z art. 11, 14 i 20 ustawy o PDOF.

Usługi ściśle związane ze sportem świadczone przez organizacje non-profit, spełniające wymogi podmiotowe i przedmiotowe, są zwolnione z VAT na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 32 ustawy, pod warunkiem że są konieczne dla organizowania i uprawiania sportu oraz nieukierunkowane na zysk.

Usługi organizowania zajęć sportowych świadczone przez Fundację działającą jako klub sportowy są zwolnione z podatku VAT zgodnie z art. 43 ust. 1 pkt 32 ustawy o VAT, gdyż spełniają przesłanki podmiotowe i przedmiotowe wskazane w przepisach oraz są prowadzone bez nastawienia na zysk.

Usługi sportowe świadczone przez fundację działającą na rzecz upowszechnienia sportu są zwolnione z podatku VAT pod warunkiem, że działalność jest nienastawiona na zysk i nie obejmuje działań nastawionych na odpłatność, takich jak marketing czy odpłatne zakwaterowanie.

Darowizny przekazywane przez spółkę na rzecz podmiotów powiązanych, w tym fundacji, są klasyfikowane jako ukryte zyski podlegające opodatkowaniu na podstawie art. 28m ust. 1 pkt 2 ustawy o CIT. Natomiast darowizny na korzyść instytucji niepowiązanych nie stanowią ukrytych zysków oraz są związane z działalnością gospodarczą, co wyłącza je z opodatkowania w tym trybie.

Wniesienie nieruchomości przez fundatora do fundacji na poczet funduszu założycielskiego, zgodnie z art. 12 ust. 4 pkt 4 Ustawy CIT, nie powoduje powstania przychodu podatkowego ani dla fundacji, ani dla fundatora.

Zasada zwolnienia podmiotowego przewidziana w art. 6 ust. 1 pkt 25 ustawy CIT nie ma zastosowania do mienia likwidacyjnego SCSp otrzymanego przez fundację rodzinną, gdyż SCSp nie jest podatnikiem podatku CIT. Niemniej jednak, zgodnie z art. 12 ust. 4 pkt 3b ustawy CIT, mienie to na moment likwidacji nie stanowi przychodu podatkowego, a stanie się nim dopiero przy odpłatnym zbyciu.

Dochody fundacji z pożyczek udzielonych spółkom pośrednio zależnym nie korzystają ze zwolnienia CIT zgodnie z art. 6 ust. 1 pkt 25 ustawy CIT, gdyż art. 5 ustawy o fundacji rodzinnej wymaga bezpośredniego posiadania udziałów lub akcji przez fundację.