Podstawę opodatkowania podatkiem od czynności cywilnoprawnych stanowi wartość rynkowa nabytych udziałów z dnia zawarcia umowy sprzedaży; zmiany ceny dokonane po tej dacie nie wpływają na podstawę opodatkowania pod warunkiem, że odpowiadała ona wartości rynkowej w momencie zawarcia umowy.

Jeżeli jedna z powiązanych spółek poniosła stratę podatkową w źródle przychodów, do którego zalicza się daną transakcję kontrolowaną, obowiązek sporządzenia dokumentacji cen transferowych dotyczy wyłącznie transakcji z tym podmiotem. Zwolnienia wynikające z art. 11n pkt 1 ustawy o CIT nie obejmują tych transakcji.

Zwolnienie z obowiązku sporządzania dokumentacji cen transferowych, przewidziane w art. 11n pkt 5 ustawy o CIT, nie ma zastosowania, jeżeli pomiędzy spółką a jej jedynym udziałowcem, jednostką samorządu terytorialnego, istnieją nie tylko powiązania kapitałowe, ale także powiązania osobowe związane z obecnością przedstawicieli gminy w organach spółki.

Przychód podatkowy z tytułu sprzedaży przedsiębiorstwa obejmuje zarówno cenę określoną w umowie sprzedaży, jak i wartość przejętych przez nabywcę zobowiązań. Przejęcie zobowiązań wpływa na ustalenie wartości rynkowej przedsiębiorstwa zgodnie z art. 14 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych.

Korekty cen transferowych (korekty dochodowości) realizowane między spółką a podmiotami zależnymi, mające na celu wyrównanie poziomu dochodowości do warunków rynkowych, nie podlegają opodatkowaniu VAT, gdyż nie stanowią odrębnej usługi ani nie odnoszą się do indywidualnych transakcji, lecz ogólnej działalności gospodarczej.

Zbycie nieruchomości poza działalnością gospodarczą, dokonane po upływie pięciu lat od nabycia, nie stanowi źródła przychodu podatkowego, niezależnie od ceny ustalonej w umowie. Przychód określa się według ceny w umowie, o ile sprzedaż nie spełnia definicji czynności gospodarczej.

Kosztami uzyskania przychodu przy odpłatnym zbyciu nieruchomości są ceny zapłacone współwłaścicielom oraz wartość przejętego długu, jako że świadczą one o odpłatnym nabyciu nieruchomości w rozumieniu art. 22 ust. 6c ustawy o PIT.

Podmiot, w którym Skarb Państwa posiada pośrednio co najmniej 25% udziałów, jest zwolniony z obowiązku sporządzania lokalnej dokumentacji cen transferowych, z art. 11n pkt 5 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych, nawet gdy powiązanie jest pośrednie.

Podmiot powiązany nie jest zwolniony z obowiązku sporządzania lokalnej dokumentacji cen transferowych, o ile powiązania z innymi podmiotami nie wynikają wyłącznie z powiązania ze Skarbem Państwa, lecz obejmują inne rodzaje powiązań kapitałowych.

Zwolnienie z obowiązku sporządzenia lokalnej dokumentacji cen transferowych jest możliwe, jeżeli podmioty powiązane nie poniosły straty podatkowej w odniesieniu do źródła przychodów, z którym związana jest kontrolowana transakcja, niezależnie od strat z innych źródeł przychodów.

Spółka przejmująca, działająca metodą łączenia udziałów, może korzystać ze Zwolnienia 11n dla transakcji przejęcia, bazując na rocznych wynikach finansowych oraz podatkowych bez konieczności sporządzania dokumentacji osobno dla każdego przejętego podmiotu.

Cena zakupu nieruchomości, ujęta w akcie notarialnym, stanowi wyłącznie środki przekazane bezpośrednio sprzedającemu, a nie obejmuje wartości zabezpieczonej hipoteki, zaś jej spłata nie jest kosztem nabycia nieruchomości w świetle art. 22 ust. 6c ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych.

Dochody ze sprzedaży akcji, zakupionych na giełdzie przed 1 stycznia 2004 r., nie podlegają opodatkowaniu podatkiem dochodowym w 2024 r., pod warunkiem braku związku z działalnością gospodarczą nabywcy.

Kwota otrzymana z tytułu ugody dotyczącej wad ukrytych nieruchomości, bez wyraźnego powiązania z rękojmią przewidzianą w Kodeksie cywilnym, stanowi przychód z innych źródeł podlegający opodatkowaniu zgodnie z ustawą o podatku dochodowym od osób fizycznych.

Spółka może skorzystać z wyłączenia obowiązku sporządzania lokalnej dokumentacji cen transferowych na podstawie art. 11n pkt 1 Ustawy o CIT dla transakcji dokonanych do 1 stycznia 2026 r., pod warunkiem nieuzyskania dochodów kwalifikowanych. Po tej dacie, posiadanie decyzji o wsparciu skutkuje obligatoryjnością zwolnienia, co wyłącza możliwość skorzystania z powyższego wyłączenia.

Wartość transakcji dobrowolnego umorzenia akcji bez wynagrodzenia należy ustalić według wartości rynkowej. Po spełnieniu określonych przesłanek, spółka może być zwolniona z obowiązku sporządzenia lokalnej dokumentacji cen transferowych, pomimo przekroczenia progu transakcyjnego, jeśli spełnia warunki art. 11n CIT.

Urealnienie Rentowności związane z niewykorzystanymi mocami produkcyjnymi na terenie SSE, do wygaśnięcia Zezwolenia, stanowi element dochodu zwolnionego z CIT na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy o CIT, przy odpowiednim przypisaniu dochodów do działalności zwolnionej i opodatkowanej.

Połączenie spółek, z których obydwie są opodatkowane ryczałtem, realizowane metodą łączenia udziałów i przy zachowaniu kontynuacji wyceny podatkowej, nie wywołuje powstania dochodu z tytułu zmiany wartości składników majątku oraz nie prowadzi do utraty prawa do opodatkowania ryczałtem przez spółkę przejmującą.

Korekty cen transferowych dokonywane wewnątrzgrupowo, zgodnie z art. 11e CIT, mogą wpływać na przychody i koszty działalności w SSE, gdyż są integralnie związane z wcześniej ustalonymi warunkami transakcji kontrolowanych.

Korekty cen transferowych dotyczące transakcji wewnątrzgrupowych spełniają warunki art. 11e ustawy o CIT, kiedy po zakończeniu okresu wykryto odchylenia od poziomu rynkowego. Zmiany są rozpoznawane w roku pierwotnego ujęcia transakcji i mogą wpływać na dochody zwolnione z CIT w ramach SSE oraz na podstawie decyzji o wsparciu inwestycji.

Dział I, II i III stanowią zorganizowaną część przedsiębiorstwa w rozumieniu art. 4a pkt 4 ustawy o CIT. Przychód z ich zbycia to cena ustalona w umowie, niezwiązana z przejętymi zobowiązaniami, które jedynie powiększają cenę transakcyjną. Nabywca może amortyzować wartość firmy jako koszt podatkowy.

Dodatkowa Cena Sprzedaży wynikająca z klauzuli „earn-out” w umowie sprzedaży udziałów, mająca charakter warunkowy i przyszły, nie podlega uwzględnieniu w podstawie opodatkowania podatkiem od czynności cywilnoprawnych w dniu zawarcia umowy sprzedaży, co eliminuje obowiązek skorygowania deklaracji PCC-3 oraz zapłaty podatku PCC od tej ceny.

Podmiot, który przekracza ustawowy próg wartości transakcji jednorodnych i ponosi stratę podatkową, jest zobowiązany do sporządzenia lokalnej dokumentacji cen transferowych. Mały przedsiębiorca może skorzystać z uproszczeń w dokumentacji, obejmujących brak obowiązku analizy porównawczej lub zgodności.

Dochody z odpłatnego zbycia odziedziczonych udziałów podlegają opodatkowaniu stawką 19%, a koszty uzyskania przychodu winny być oparte na wydatkach poniesionych przez spadkodawcę, nie na wartości w dniu nabycia spadku.