Zasady rozliczeń podatkowych przychodów z działalności agroturystycznej determinuje faktyczne prowadzenie takiej działalności. Formalne kwestie związane z pomocą techniczną i organizacyjną przez osoby trzecie nie wpływają na przypisanie przychodów, jeśli działalność jest rzeczywiście i de facto prowadzona przez właściciela gospodarstwa.
Przychody uzyskiwane z najmu krótkoterminowego pokoi w nieruchomości prywatnej przez osobę fizyczną, która nie prowadzi działalności gospodarczej, podlegają opodatkowaniu ryczałtem od przychodów ewidencjonowanych według stawki 8,5% do kwoty 100 000 zł rocznie, jeżeli najem nie ma charakteru zorganizowanego i ciągłego przedsięwzięcia.
Przychody z wynajmu lokali mieszkalnych stanowiących majątek osobisty, podlegają opodatkowaniu jako najem prywatny. Podatnik nie musi prowadzić działalności gospodarczej, a stawki ryczałtu wynoszą 8,5% do 100 000 zł oraz 12,5% od nadwyżki.
Przychody uzyskane z wynajmu ponad pięciu pokoi w działalności agroturystycznej nie kwalifikują się do zwolnienia z PDOF wynikającego z art. 21 ust. 1 pkt 43 PDOF. Należy je traktować jako przychody z działalności gospodarczej, umożliwiając ich opodatkowanie zryczałtowaną formą podatku dochodowego.
Brak możliwości zmiany sposobu opodatkowania dochodów uzyskanych z najmu po zakończeniu roku podatkowego z podatku w formie ryczałtu od przychodów ewidencjonowanych na zasady ogólne, ponieważ wybór określonej formy opodatkowania uzyskiwanych przychodów obowiązuje przez cały rok podatkowy.