Spółka posiada prawo odliczenia podatku VAT z faktur wystawionych poza KSeF, jeśli faktury te dokumentują rzeczywiste transakcje związane z czynnościami opodatkowanymi. Prawo do odliczenia powstaje w okresie faktycznego otrzymania takich faktur, niezależnie od późniejszego przesłania tych faktur do KSeF.

Oznaczenie faktur w ewidencji JPK VAT wymaga zachowania zgodności z trybem ich wystawienia i źródłem pochodzenia; oznaczenie BFK obowiązuje dla faktur zagranicznych oraz pdf, podczas gdy korekta z ulgi na złe długi zachowuje pierwotne oznaczenie faktury. Rabaty pośrednie wymagają notyfikacji jako DI i WEW.

Podatnik ma prawo do odliczenia podatku VAT z faktury wystawionej poza KSeF, gdy mimo ciążącego obowiązku dostawca tego nie dopełnił, z zastrzeżeniem, że datą powstania prawa do odliczenia jest data faktycznego otrzymania tej faktury przez nabywcę.

Podatnik VAT ma prawo do odliczenia podatku naliczonego od faktur zakupowych wystawionych niezgodnie z obowiązkiem użycia Krajowego Systemu e-Faktur, o ile spełnione są inne przesłanki materialnoprawne uzyskania tego prawa. Brak zgodności formalnej w wystawieniu faktury nie stanowi przesłanki uniemożliwiającej odliczenie VAT, pod warunkiem, że faktura dokumentuje rzeczywiste zdarzenie gospodarcze.

Faktury wystawione poza Krajowym Systemem e-Faktur mogą być uznane za podstawę zaliczenia wydatków do kosztów uzyskania przychodów oraz ustalenia wartości początkowej środków trwałych, o ile spełniają formalne i materialne wymogi właściwej dokumentacji podatkowej i gospodarczej.