Archiwizowanie dokumentów księgowych, w tym faktur, wyłącznie w formie elektronicznej jest dozwolone pod warunkiem zapewnienia autentyczności, integralności i czytelności. Uprawnienie do odliczenia VAT jest ograniczone do elektronicznie przechowywanych faktur, które spełniają wymogi ustawy i nie obejmuje innych dokumentów nieuznawanych za faktury zgodnie z ustawą o VAT.

Przechowywanie dokumentów księgowych w formie elektronicznej, z zachowaniem zasad integralności, autentyczności i czytelności, jest dopuszczalne bez papierowych kopii. Prawo do odliczenia VAT uzależnione jest od spełnienia warunków zarówno przez dokumenty, jak i przez transakcje, których dotyczą.

Oznaczenie faktur w ewidencji JPK VAT wymaga zachowania zgodności z trybem ich wystawienia i źródłem pochodzenia; oznaczenie BFK obowiązuje dla faktur zagranicznych oraz pdf, podczas gdy korekta z ulgi na złe długi zachowuje pierwotne oznaczenie faktury. Rabaty pośrednie wymagają notyfikacji jako DI i WEW.

Podatnicy w przypadku błędów w danych podmiotu trzeciego na fakturze ustrukturyzowanej, które nie wpływają na opodatkowanie ani stronę transakcji (JST), mogą dokonać korekty poprzez fakturę korygującą. Taka korekta jest neutralna podatkowo i nie wymaga uwzględnienia w ewidencjach podatkowych VAT i JPK_V7.

Sprzedaż niezabudowanej działki gruntowej przez osobę fizyczną, nie będącą podatnikiem VAT, stanowi rozporządzanie majątkiem osobistym, a nie działalność gospodarczą, i w konsekwencji nie podlega opodatkowaniu podatkiem VAT, ani nie wymaga dokumentowania fakturą VAT.

Zakup urządzeń klimatyzacyjnych z funkcją grzania, opisanych na fakturze jako klimatyzacja, nie uprawnia do skorzystania z ulgi termomodernizacyjnej w PIT, gdyż nie są one wymienione w katalogu wydatków kwalifikujących się do tej ulgi.

Wystawienie faktury ustrukturyzowanej w ramach procedury samofakturowania wymaga wcześniej uzyskania akceptacji jej treści przez sprzedawcę w formacie XML przed przesłaniem jej do KSeF, w przeciwnym razie faktura taka nie uprawnia do odliczenia podatku VAT.

Podatnikowi, w ramach prowadzonej działalności rolniczej, przysługuje prawo do odliczenia całości podatku naliczonego z faktur za zakupy dokonywane w celach opodatkowanych VAT, o ile dokonane wydatki bezpośrednio lub pośrednio wspierają działalność podlegającą opodatkowaniu.

Gmina, pobierając opłaty za zajęcie pasa drogowego dróg wewnętrznych, nie prowadzi działalności opodatkowanej podatkiem od towarów i usług, gdyż działa w charakterze organu władzy publicznej w ramach nałożonych ustawowo zadań o charakterze publicznoprawnym.

W przypadku pomyłki w numerze NIP kontrahenta, podatnik jest zobowiązany do wystawienia faktury korygującej „do zera” i nowej faktury z poprawnym NIP; te dokumenty powinny być ujęte w ewidencji za okres, w którym powstał obowiązek podatkowy dla pierwotnej faktury, uwzględniając ograniczenia KSeF.

Czynny podatnik VAT od najmu prywatnego, wykorzystując materiały budowlane do czynności opodatkowanych, zachowuje prawo do odliczenia podatku naliczonego nawet przy braku NIP na fakturze, o ile zakup służy opodatkowanej działalności i nie narusza art. 88 ustawy o VAT.

Obciążenie najemcy kosztami naprawy maszyny uszkodzonej z jego winy, realizowanej przez wynajmującego, należy traktować jako odpłatne świadczenie usług podlegające opodatkowaniu podatkiem VAT i wymagające udokumentowania fakturą VAT, zgodnie z art. 5 ust. 1 i art. 8 ust. 1 ustawy o VAT.

Jeżeli faktura ustrukturyzowana zawiera błędny numer NIP, konieczne jest wystawienie faktury korygującej do zera oraz nowej faktury z prawidłowym NIP. Rozliczenie powinno nastąpić w okresie obowiązkowego podatkowego faktury pierwotnej.

Faktury wystawione poza KSeF, dokumentujące rzeczywiste zdarzenia gospodarcze, mogą zostać uznane za podstawę zaliczenia wydatków do kosztów uzyskania przychodów, o ile spełniają kryteria określone w art. 15 ust. 1 ustawy CIT, niezależnie od formalnego obowiązku ich wystawienia przez KSeF.

Otrzymanie faktury VAT wystawionej poza KSeF nie pozbawia podatnika prawa do odliczenia podatku naliczonego, pod warunkiem spełnienia przesłanek materialnych, a przesłanie faktury ponownie przez KSeF nie wymaga korekty JPK_V7M.

Podatnikowi przysługuje prawo do odliczenia podatku naliczonego z faktur wystawionych poza KSeF przez podatników zobowiązanych do korzystania z KSeF, o ile faktura dokumentuje rzeczywistą transakcję. Nie istnieje obowiązek korekty JPK_V7M, jeżeli faktura pierwotnie wystawiona poza KSeF zostanie później przesłana jako ustrukturyzowana za pośrednictwem KSeF.

Podatnik ma prawo do odliczenia podatku VAT naliczonego z faktur wystawionych poza Krajowym Systemem e-Faktur, jeżeli spełnione są wszystkie przesłanki materialne wynikające z przepisów o VAT, a późniejsze wystawienie faktury w KSeF nie obliguje do korekty struktury JPK_V7M.

Nie jest dopuszczalne korygowanie faktury notą korygującą w celu zmiany danych nabywcy; konieczne jest wystawienie faktury korygującej przez sprzedawcę. Ponadto, bez prawidłowo wystawionej faktury korygującej nabywca nie może dokonać odliczenia VAT, nawet jeśli spełnione są przesłanki materialne, takie jak wykorzystywanie towaru do celów opodatkowanych.

Środki otrzymane przez podatnika od NCBiR na realizację projektu badawczo-rozwojowego podlegają opodatkowaniu VAT jako dotacje wpływające bezpośrednio na cenę świadczeń. Przekazanie praw własności intelektualnej Skarbowi Państwa w ramach projektu jest czynnością opodatkowaną VAT. Podatnikowi przysługuje prawo do odliczenia podatku VAT od zakupów związanych z realizacją tego projektu.

Działania jednostki samorządu terytorialnego, realizowane w ramach zadań własnych niekomercyjnych, nie podlegają opodatkowaniu VAT, co wyklucza prawo do odliczenia podatku VAT naliczonego od nabytych towarów i usług związanych z tymi działaniami. Podatek VAT stanowi wówczas nieodwracalny koszt samorządu.

Organizowanie programu lojalnościowego nie stanowi jednolitego świadczenia usług, lecz obejmuje niezależne świadczenia opodatkowane oddzielnie, a wymiana punktów lojalnościowych na nagrody podlega opodatkowaniu jako odpłatna dostawa towarów, zaś moment powstania obowiązku podatkowego z tytułu usług ustalany jest zgodnie z rodzajem zakończonej transakcji.

Podatnikowi VAT czynnemu przysługuje prawo do odliczenia podatku VAT naliczonego z faktury za dodatkowe wynagrodzenie dla doradcy podatkowego (tzw. success fee), jeśli usługa ta jest bezpośrednio związana z działalnością opodatkowaną podatnika, nawet jeśli wynagrodzenie to nie stanowi kosztu uzyskania przychodu.

Prawidłowe dokumentowanie wpłat od organizacji europejskich w ramach świadczenia usług konferencyjnych wymaga identyfikacji statusu podatkowego kontrahentów zgodnie z art. 28a ustawy o VAT. Podatnikowi przysługuje prawo do odliczenia podatku naliczonego jedynie od towarów i usług służących czynnościom opodatkowanym na potrzeby działalności gospodarczej, z wyłączeniem usług gastronomicznych nabywanych

Nieprzestrzeganie obowiązku wystawiania ustrukturyzowanych faktur przy użyciu Krajowego Systemu e-Faktur nie wyłącza prawa czynnego podatnika VAT do odliczenia podatku naliczonego, jeżeli faktura potwierdza rzeczywiste zdarzenie gospodarcze, a nabyte towary lub usługi są związane z czynnościami opodatkowanymi oraz spełnione są materialne i formalne warunki określone w ustawie o VAT.