Podmiot, prowadzący odpłatną działalność opodatkowaną VAT w zmodernizowanych obiektach, nie ma obowiązku stosowania prewspółczynnika VAT z art. 86 ust. 2a ustawy o VAT, gdyż działalność ta jest całkowicie gospodarcza. Wprowadzenie działalności zwolnionej wiąże się z obowiązkiem stosowania proporcji z art. 90 ust. 2 ustawy o VAT.

Samorządowa instytucja kultury, prowadząc działalność zarówno opodatkowaną, jak i niepodlegającą opodatkowaniu, zobowiązana jest stosować proporcję odliczenia VAT zgodnie z rozporządzeniem Ministra Finansów, a zaproponowany przez nią własny sposób obliczania tej proporcji nie jest uznany za bardziej reprezentatywny.

Podstawowym warunkiem odzyskania podatku VAT jest wykorzystywanie nabytych towarów i usług do czynności opodatkowanych. W przypadku braku takiego związku, odliczenie VAT nie przysługuje.

Nieodpłatne udostępnienie majątku gminnego dla zadań publicznych na rzecz instytucji kultury, jako działanie w ramach zadań własnych, nie stanowi czynności podlegających VAT. W związku z brakiem odpłatnych świadczeń wiązanych z czynnościami opodatkowanymi, odliczenie podatku naliczonego jest niedopuszczalne.

Muzeum nie jest uprawnione do stosowania alternatywnego prewspółczynnika opartego na liczbie wejść odpłatnych do celów rozliczenia VAT. Skuteczniejsze i bardziej reprezentatywne jest stosowanie metody wskazanej w rozporządzeniu Ministra Finansów, które prawidłowo oddaje specyfikę działalności i zapewnia adekwatny podział VAT.

Prawo do pełnego odliczenia podatku naliczonego od wydatków dotyczących sklepików, księgarni oraz budynku przeznaczonego w całości pod wynajem.

Prawo do częściowego odliczenia podatku naliczonego od wydatków na realizację Projektu z zastosowaniem prewspółczynnika i proporcji, o której mowa w art. 90 ust. 2 ustawy o VAT.