Należności wypłacane przez instytucję wdrażającą projekt współpracy międzynarodowej podlegają opodatkowaniu zgodnie z miejscem zamieszkania beneficjentów oraz obowiązującymi konwencjami o unikaniu podwójnego opodatkowania, z uwzględnieniem certyfikatów rezydencji i czasu przebywania na terytoriach poszczególnych państw.