Przychody z działalności w zakresie organizacji i koordynacji procesu aplikacyjnego o pożyczki unijne podlegają opodatkowaniu zryczałtowanym podatkiem dochodowym według stawki 15% zgodnie z art. 12 ust. 1 pkt 2 lit. v ustawy o zryczałtowanym podatku dochodowym od osób fizycznych, o ile mieszczą się w grupie PKWiU 82.9.

Jednostka samorządu terytorialnego, która realizuje projekt w zakresie zaspokajania zbiorowych potrzeb wspólnoty i nieodpłatnie udostępnia powstały majątek, nie ma prawa do odliczenia podatku VAT, gdyż czynności te nie są związane z wykonaniem czynności opodatkowanych VAT.