Podatnikowi przysługuje prawo do odliczenia podatku naliczonego z faktur wystawionych poza KSeF w czasie awarii systemu, jeżeli spełnione są materialne warunki odliczenia, niezależnie od braku wymaganych kodów QR na fakturach, a prawo to realizuje się w okresie powstania obowiązku podatkowego nie wcześniej niż przy faktycznym otrzymaniu faktury.

Zarejestrowany w Polsce podatnik może odliczyć VAT naliczony z faktur wystawionych poza KSeF, jeżeli dokumenty te są zgodne z rzeczywistością gospodarczą i nie wystąpiły przesłanki negatywne wyłączające to prawo. Prawo do odliczenia z faktur przekazanych poza KSeF powstaje w momencie faktycznego ich otrzymania, niezależnie od braku oznaczeń było to uchybienie formalne, nie wpływające na uprawnienia

W przypadku WNT i importu usług, zagraniczne faktury w ewidencji VAT oznaczane są jako BFK, zgodnie z rozporządzeniem. Odliczenie VAT możliwe jest w momencie otrzymania faktury zgodnej z art. 106e ustawy o VAT, nawet wystawionej poza KSeF.

Skutki podatkowe przesyłania kontrahentom Dokumentów EDI lub Wizualizacji PDF w trakcie trwania Programu Pilotażowego przed wejściem obowiązkowego KSeF