Spółka jest obowiązana do wydzielania w prowadzonej ewidencji rachunkowo-podatkowej dochodów, które podlegają opodatkowaniu podatkiem dochodowym (tj. dochody osiągane z działalności prowadzonej poza obszarem SSE lub te osiągane wprawdzie na obszarze SSE ale z działalności niewymienionej w żadnym z zezwoleń) oraz dochodów zwolnionych z opodatkowania (na podstawie obydwu zezwoleń łącznie). Innymi słowy
1. Czy podatnik wykonujący głównie czynności statutowe zwolnione z podatku VAT może prowadzić jedynie rejestr zakupów związanych wyłącznie ze sprzedażą opodatkowaną?2. Czy w przypadku dokonywania zakupu towarów i usług ze środków finansowanych z pomocy zagranicznej przysługuje prawo do zwrotu podatku naliczonego?
Czy istnieje możliwość prowadzenia ewidencji podatku naliczonego ograniczonej wyłącznie do części dotyczącej zakupów związanych ze sprzedażą opodatkowaną?