Zielone Certyfikaty nie mieszczą się w dozwolonej prawem działalności fundacji rodzinnej jako papiery wartościowe, co wymaga ich opodatkowania. Ponadto, fundacja rodzinna nie ma prawa do odliczenia podatku od przychodów z budynków od 15% podatku od świadczeń na rzecz beneficjentów.

Dokonanie wpłat uproszczonych zaliczek na CIT w formie jednej łącznej wpłaty, obejmującej również podatek od przychodów z budynków, jest prawidłowe, pod warunkiem zachowania ustawowych terminów. Opóźnione wpłaty nie powodują utraty prawa do uproszczonej formy zaliczek, jeśli dług jest uregulowany z odsetkami za zwłokę.