Samorządowa instytucja kultury nie ma prawa do pełnego odliczenia VAT od wydatków inwestycyjnych. W związku z realizacją inwestycji, związanej zarówno z działalnością opodatkowaną, jak i niepodlegającą opodatkowaniu, odliczenie musi być dokonane przy zastosowaniu prewspółczynnika, zgodnie z art. 86 ust. 2a ustawy o VAT.

Nieodpłatne udostępnienie majątku gminnego dla zadań publicznych na rzecz instytucji kultury, jako działanie w ramach zadań własnych, nie stanowi czynności podlegających VAT. W związku z brakiem odpłatnych świadczeń wiązanych z czynnościami opodatkowanymi, odliczenie podatku naliczonego jest niedopuszczalne.

Świadczenie zajęć rekreacyjno-sportowych przez instytucję kultury podlega opodatkowaniu podatkiem VAT, lecz korzysta ze zwolnienia przewidzianego dla usług sportowych nienastawionych na zyski, zgodnie z art. 43 ust. 1 pkt 32 ustawy o VAT. Instytucja nie ma obecnie obowiązku rejestracji jako podatnik VAT.

Muzeum nie jest uprawnione do stosowania alternatywnego prewspółczynnika opartego na liczbie wejść odpłatnych do celów rozliczenia VAT. Skuteczniejsze i bardziej reprezentatywne jest stosowanie metody wskazanej w rozporządzeniu Ministra Finansów, które prawidłowo oddaje specyfikę działalności i zapewnia adekwatny podział VAT.

Prawo do odliczenia części podatku naliczonego ustalonego według wskaźnika i prewskaźnika dla Zarządu.