Straty wynikające z likwidacji nie w pełni umorzonych środków trwałych (X i Innych Strefowych Środków Trwałych) nie stanowią wyłączenia z kosztów uzyskania przychodów, o ile nie są skutkiem zmiany rodzaju prowadzonej działalności, co umożliwia ich zaliczenie do kosztów uzyskania przychodów działalności pozastrefowej według zasad ogólnych (art. 16 ust. 1 pkt 6 ustawy o CIT).

Dochody uzyskane z działalności produkcyjnej prowadzonej w Specjalnej Strefie Ekonomicznej, której częściowy proces odbywa się poza nią, lecz służący celom marginalnym, podlegają zwolnieniu podatkowemu według art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o CIT. W ramach rozliczania kosztów wspólnych należy stosować zasadę proporcjonalnego ich podziału względem uzyskanych przychodów strefowych i pozastrefowych.

Dochód uzyskany z działalności gospodarczej wykonywanej w ramach specjalnej strefy ekonomicznej jest zwolniony z opodatkowania, gdy spełnia warunki określone w decyzji o wsparciu. Koszty transportu, amortyzacyjne oraz wynikające z różnic kursowych i kredytów powinny być przypisane do działalności strefowej, o ile są bezpośrednio związane z nową inwestycją, a ich proporcjonalne rozliczanie opiera się