Rekompensata otrzymywana przez spółkę z tytułu wykonywania zadań własnych Gminy, pomimo przekazywana na podwyższenie kapitału zakładowego, stanowi zapłatę za odpłatne świadczenie usług podlegających opodatkowaniu podatkiem VAT; jest elementem podstawy opodatkowania, którą należy udokumentować fakturą VAT.

Zwolnienie z obowiązku sporządzania dokumentacji cen transferowych, przewidziane w art. 11n pkt 5 ustawy o CIT, nie ma zastosowania, jeżeli pomiędzy spółką a jej jedynym udziałowcem, jednostką samorządu terytorialnego, istnieją nie tylko powiązania kapitałowe, ale także powiązania osobowe związane z obecnością przedstawicieli gminy w organach spółki.

Osoba pełniąca funkcję Prezesa Zarządu spółki komunalnej, wykonująca usługi zarządzania na podstawie umowy cywilnoprawnej przy wykorzystaniu zasobów tej spółki, z wynagrodzeniem stałym i z odpowiedzialnością spoczywającą na spółce, nie występuje jako podatnik VAT w rozumieniu art. 15 ustawy o VAT.

Sprzedaż towarów i usług dokonywaną przez gminę na rzecz jej samorządowych instytucji kultury oraz spółek, w których posiada co najmniej 25% udziałów, należy uznać za transakcje między podmiotami powiązanymi, co obliguje do oznaczania ich symbolem "TP" w pliku JPK_V7M, zgodnie z art. 32 ust. 2 pkt 1 ustawy o VAT.

Wniesienie aportu nieruchomości gruntowych przez gminę do spółki komunalnej w zamian za udziały nosi znamiona działalności gospodarczej i stanowi odpłatną dostawę towarów, podlegającą opodatkowaniu podatkiem VAT zgodnie z art. 5 ust. 1 pkt 1 w związku z art. 15 ust. 1 ustawy o VAT. Gmina, wykonując tę czynność, działa jako podatnik VAT, a nie jako organ władzy publicznej.

Wniesienie aportem infrastruktury kanalizacyjnej do spółki komunalnej stanowi opodatkowaną VAT odpłatną dostawę towarów, niekorzystającą ze zwolnienia jako zbycie przedsiębiorstwa lub jego zorganizowanej części, co przysługuje Gminie prawo do pełnego odliczenia podatku VAT naliczonego związanego z inwestycją.