Przepisy ustawy o CIT, w kontekście art. 9 ust. 1c, nie nakładają obowiązku przesyłania ksiąg rachunkowych prowadzonych przez zagraniczne oddziały w postaci JPK_CIT, jeżeli te prowadzone są zgodnie z przepisami obowiązującymi w miejscu ich działalności. Obowiązek ten dotyczy jedynie ksiąg rachunkowych prowadzonych na podstawie polskiej ustawy o rachunkowości.

Obowiązek przesyłania JPK_CIT nie ciąży na zagranicznych przedsiębiorcach prowadzących działalność poprzez zakład podatkowy w Polsce, jeśli nie posiadają oni oddziału ani przedstawicielstwa, a księgi rachunkowe prowadzone są za granicą, zgodnie z art. 9 ust. 1 i 4 ustawy o CIT.

W przypadku gdy podatnik nie zamknie ksiąg rachunkowych oraz nie sporządzi sprawozdania finansowego na dzień poprzedzający przejście na opodatkowanie ryczałtem, wybór tej formy opodatkowania jest nieskuteczny, zgodnie z art. 28j ust. 5 ustawy o CIT.

Spółka z o.o. rozpoczyna działalność w dniu zawarcia umowy (powstania spółki w organizacji), a nie dopiero z dniem wpisu do KRS. Dla uzyskania statusu podatnika rozpoczynającego działalność niezbędne jest spełnienie warunków formalnych w tym potwierdzenia zamknięcia ksiąg na koniec poprzedniego okresu podatkowego przed obłożeniem opodatkowaniem ryczałtowym.

Podpisanie sprawozdania finansowego wyłącznie przez członków zarządu, bez podpisu osoby formalnie niepowołanej do księgowości, jest zgodne z przepisami ustawy o rachunkowości i nie wpływa na skuteczność wyboru estońskiego CIT, przy spełnieniu wszystkich pozostałych formalnych warunków.

Przejście praw i obowiązków podatkowych w przypadku łączenia się spółek przez przejęcie metodą łączenia udziałów, bez zamykania ksiąg rachunkowych, nie rodzi zobowiązania do złożenia zeznania podatkowego oraz przekazania ksiąg rachunkowych przez spółkę przejmowaną.

Zagraniczne oddziały samobilansujące się polskiej spółki kapitałowej, będące jej integralną częścią, podlegają obowiązkowi przesyłania ksiąg rachunkowych w polskiej strukturze logicznej, uwzględniając zasady przewidziane w ustawie o CIT oraz zgodnie z rozporządzeniem Ministra Finansów, co nie zwalnia z obowiązku prowadzenia ustrukturyzowanych zapisów dla celów rozliczeń podatkowych.

Podmiot zagraniczny prowadzący w Polsce działalność w formie zakładu nie jest zobowiązany do prowadzenia ksiąg rachunkowych według Ustawy o rachunkowości ani do ich przesyłania do urzędu skarbowego, gdy zakład nie stanowi oddziału lub przedstawicielstwa.

Sprawozdanie finansowe uważa się za prawidłowo sporządzone zgodnie z przepisami ustawy o rachunkowości, dopiero gdy zostanie podpisane przez wszystkie wymienione osoby w określonym terminie, czego brak uniemożliwia skuteczny wybór opodatkowania ryczałtem od dochodów spółek.

Zagraniczny przedsiębiorca prowadzący działalność w Polsce przez zakłady podatkowe, bez utworzenia oddziału lub przedstawicielstwa, nie jest zobowiązany do przekazywania ksiąg rachunkowych w formie elektronicznej polskiemu organowi podatkowemu.

Podatnik, który wykorzystał w pełni przyznany limit pomocy publicznej w ramach decyzji o wsparciu, przestaje osiągać dochody zwolnione z opodatkowania na jej podstawie, o ile decyzja nie wygeneruje nowych dochodów, może w tym samym roku kalendarzowym wybrać Estoński CIT.

Podatnicy posiadający siedzibę w Polsce są zobowiązani do wykazywania w JPK_KR_PD całości dochodów, w tym uzyskanych przez zagraniczne oddziały, jako że nie stanowią one odrębnych podmiotów, lecz integralne części spółek macierzystych.

Zamknięcie ksiąg rachunkowych oraz sporządzenie sprawozdania finansowego zgodnie z przepisami rachunkowości na dzień poprzedzający pierwszy miesiąc opodatkowania ryczałtem, z zachowaniem formy i terminu, spełnia warunki wyboru CIT estońskiego zgodnie z art. 28j ust. 5 ustawy o CIT.

Podatnicy, posiadający siedzibę lub zarząd na terenie RP, są zobowiązani do przesyłania plików JPK_KR_PD, obejmujących również samobilansujące zagraniczne oddziały, determinowane przepisami art. 9 ust. 1c ustawy o CIT, niezależnie od lokalizacji. Interpretacja nie wyłącza oddziałów zagranicznych z tego obowiązku.

W przypadku wspólnego prowadzenia gospodarstwa rolnego objętego małżeńską wspólnością majątkową, każdemu z małżonków przysługuje obowiązek składania odrębnych deklaracji PIT-6 oraz stosowania indywidualnego limitu przychodów netto z ustawy o rachunkowości dla obowiązku prowadzenia ksiąg rachunkowych, co wynika z proporcjonalnego do udziałów opodatkowania dochodów.

Obowiązek prowadzenia i przesyłania ksiąg rachunkowych w formie elektronicznej dotyczy wyłącznie przychodów uzyskanych przez polski oddział zagranicznej spółki, a nie całości przychodów przedsiębiorstwa.

Wypłata komandytariuszom zysków spółki komandytowej, wypracowanych i opodatkowanych przed dniem uzyskania przez spółkę statusu podatnika CIT, nie powoduje obowiązku poboru podatku PIT przez spółkę jako płatnika.