Koszty wdrożenia Oprogramowania, z wyłączeniem kosztów operacyjnych i bieżącego utrzymania, jako usługi związane z jego przystosowaniem, zwiększają wartość początkową WNP, podlegającą amortyzacji podatkowej zgodnie z art. 16g ust. 3 ustawy o CIT; jednocześnie mogą być one zaliczone do kosztów kwalifikowanych inwestycji zgodnie z § 8 ust. 1 pkt 4 rozporządzenia WNI.

Moment utraty prawa do zwolnienia podatkowego wynikającego z decyzji o wsparciu i zezwolenia w SSE następuje z dniem złożenia przez przedsiębiorcę wniosku o stwierdzenie ich wygaśnięcia.

Zapłata Zachęty przez wynajmującego nie wpływa na zmniejszenie wartości kosztów kwalifikowanych dla potrzeb decyzji o wsparciu, zgodnie z przepisami o Polskiej Strefie Inwestycji.

Dochody uzyskane z działalności prowadzonej na terenie i w zakresie wskazanym w decyzjach o wsparciu mogą korzystać ze zwolnienia podatkowego, mimo niepełnego wykorzystania limitu pomocy publicznej z wcześniejszej decyzji, zgodnie z metodą kasową, pod warunkiem przestrzegania zasad chronologii decyzji, tak jak określono w art. 17 u.p.d.o.p. oraz rozporządzeniu w sprawie nowych inwestycji.

Przychody z tytułu odpłatnego zbycia wierzytelności w ramach umowy faktoringowej oraz związane z nimi koszty uzyskania przychodów należy traktować jako przychody i koszty działalności opodatkowanej, nieujęte w wyniku działalności zwolnionej z CIT na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o CIT.

Koszty nowej inwestycji, uzasadnione przed wydaniem decyzji o wsparciu i związane bezpośrednio z realizacją nowej inwestycji, mogą być uznane za kwalifikowane i wolne od opodatkowania dochodowego, pod warunkiem, że dochody wynikają z działalności objętej decyzją o wsparciu. Zwolnienie dotyczy adekwatnych dochodów uzyskanych po poniesieniu takich kosztów.

Nie jest możliwe uznanie wydatków na maszyny do produkcji nowych komponentów za koszty kwalifikowane nowej inwestycji definiowanej jako zwiększenie zdolności produkcyjnej istniejącego zakładu; stąd dochód z ich sprzedaży nie może korzystać ze zwolnienia podatkowego na podstawie decyzji o wsparciu.

Koszty związane z dodatkowymi czynnościami pomocniczymi, transportem i przechowywaniem wyrobów, mogą być uznane za jedną działalność zwolnioną. Wynagrodzenie z projektów kompleksowych może być częściowo zwolnione przy użyciu proporcji przychodów zwolnionych. Koszty wspólne powinny być alokowane przy użyciu klucza przychodowego.

Nieuzyskanie dochodu w ramach inwestycji określonej w decyzji o wsparciu, skutkujące niekorzystaniem ze zwolnienia na mocy art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o p.d.o.p., umożliwia zastosowanie wyłączenia z obowiązku sporządzania lokalnej dokumentacji cen transferowych zgodnie z art. 11n pkt 1 ustawy o p.d.o.p.

Podatnik uzyskuje prawo do korzystania ze zwolnienia podatkowego na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o CIT od miesiąca, w którym zrealizowana inwestycja zacznie generować przychód, niezależnie od wcześniejszego ponoszenia kosztów kwalifikowanych.

Dochody uzyskane ze sprzedaży wyrobów gotowych, powstałych przy udziale podwykonawców, są objęte zwolnieniem, o którym mowa w art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o CIT, jeżeli usługi te mają charakter pomocniczy, a główna działalność gospodarcza odbywa się w miejscu nowej inwestycji objętego decyzją o wsparciu.

Cena zakupu netto nieruchomości od podmiotu powiązanego, w ramach decyzji o wsparciu nowej inwestycji, może być uznana za koszt kwalifikowany, zgodnie z § 8 ust. 1 pkt 1 Rozporządzenia o WNI, jeśli spełnia wymogi kwalifikowalności przewidziane w przepisach podatkowych.

Poniesione na budynku socjalno-biurowym oraz związane z nabyciem wyposażenia i urządzeń wydatki stanowią kwalifikowane koszty nowej inwestycji w rozumieniu art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o CIT oraz przepisów ustawy p.s.i. i rozporządzenia pomocowego, co uprawnia Wnioskodawcę do zwolnienia podatkowego w zakresie określonym w decyzji o wsparciu.

Reżim pomocy publicznej dopuszcza zaliczanie do kosztów kwalifikowanych wydatków na elementy inwestycji, takie jak zaplecze socjalne, jedynie po spełnieniu warunku ich wpisania do ewidencji środków trwałych. Ponadto, dla dochodów niekorzystających ze zwolnień istnieje obowiązek regularnej kalkulacji zaliczek na podatek w trakcie roku podatkowego.

Moment poniesienia wydatku inwestycyjnego kwalifikowanego do obliczania pomocy publicznej, zgodnie z § 10 Rozporządzenia o WNI, wymaga zarówno rzeczywistej zapłaty, jak i ujęcia środka trwałego w ewidencji. Zatem koszt uznaje się za poniesiony tylko po spełnieniu tych dwóch warunków.

Do dochodu zwolnionego z CIT, zgodnie z decyzją o wsparciu, nie należy wliczać dochodów z działalności realizowanych poza wskazanym terenem. Zwolnienie dotyczy wyłącznie dochodów uzyskanych z działalności na terenie określonym w decyzji, przy zachowaniu zasad cen transferowych.

Dopuszczalne jest prowadzenie jednej wspólnej ewidencji rachunkowej dla działalności zwolnionej z CIT w oparciu o wiele decyzji o wsparciu, z rozliczeniem pomocy publicznej zgodnie z kolejnością wydania decyzji, gdy przepisy nie wymagają odrębności rozliczeń.

Zmiana statusu przedsiębiorcy w toku realizacji inwestycji w Polskiej Strefie Inwestycji, po wydaniu decyzji o wsparciu, nie wpływa na wskaźnik intensywności pomocy publicznej ani wysokość przysługującego zwolnienia z podatku CIT, ustalaną na dzień przyznania pomocy.

Podatnik, dokonując kalkulacji maksymalnej kwoty zwolnienia podatkowego na podstawie art. 21 ust. 1 pkt 63b ustawy o PDOF, powinien ujmować wydatki inwestycyjne w momencie ich faktycznego poniesienia (kasowo), zważywszy na ścisłą wykładnię zwolnień podatkowych oraz istniejące orzecznictwo.

Zwolnienie z podatku dochodowego na podstawie art. 21 ust. 1 pkt 63b ustawy o PIT dotyczy wyłącznie dochodu uzyskanego z realizacji nowej inwestycji, wyodrębnionego zgodnie z kryteriami funkcjonalnymi i ekonomicznymi, a wspólne koszty alokuje się wg klucza przychodowego.

Brak obowiązku kalkulacji i wpłaty zaliczek CIT w trakcie roku podatkowego od dochodów prowadzonej działalności gospodarczej w specjalnej strefie ekonomicznej, gdyż wartość dostępnego zwolnienia podatkowego przed dniem faktycznego udzielenia pomocy nie jest możliwa do precyzyjnego określenia.

Wydatek na nabycie maszyn i urządzeń od podmiotu powiązanego, dokonany po cenie rynkowej, może stanowić koszt kwalifikowany nowej inwestycji w rozumieniu § 8 rozporządzenia ws. pomocy publicznej, na cel zwolnienia określonego w art. 17 ust. 1 pkt 34a u.p.d.o.p., pod warunkiem spełnienia przesłanek formalnych i materiałowych określonych w prawie podatkowym.

Koszt nabycia systemu ERP, stanowiący cenę nabycia wartości niematerialnych związanych z transferem technologii, kwalifikuje się do objęcia wsparciem jako koszt nowej inwestycji, zgodnie z § 8 ust. 1 pkt 1 lit. d rozporządzenia w sprawie pomocy publicznej.

Przychody i koszty wynikające z umów faktoringu, związanych z wierzytelnościami z działalności zwolnionej z opodatkowania, przypisuje się do działalności opodatkowanej, ponieważ umowy te nie są integralną częścią działalności objętej wsparciem, co wyklucza ich zwolnienie na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34a UPDOP.