Działanie podmiotu na podstawie nakazu organu władzy publicznej, które prowadzi do ekwiwalentnego świadczenia o charakterze usługi, podlega opodatkowaniu podatkiem VAT, nawet jeśli nosi ono nazwę odszkodowania.

Stwierdzenie wygaśnięcia zezwolenia na działalność w SSE zgodnie z art. 19 ust. 5 pkt 3 UoSSE, nie obliguje do zwrotu pomocy publicznej. Po wygaśnięciu zezwolenia, spółka, spełniając wymogi, może wybrać opodatkowanie ryczałtem od dochodów spółek (tzw. „CIT estoński”) w bieżącym roku podatkowym.

Do dochodu zwolnionego z CIT, zgodnie z decyzją o wsparciu, nie należy wliczać dochodów z działalności realizowanych poza wskazanym terenem. Zwolnienie dotyczy wyłącznie dochodów uzyskanych z działalności na terenie określonym w decyzji, przy zachowaniu zasad cen transferowych.

Dopuszczalne jest prowadzenie jednej wspólnej ewidencji rachunkowej dla działalności zwolnionej z CIT w oparciu o wiele decyzji o wsparciu, z rozliczeniem pomocy publicznej zgodnie z kolejnością wydania decyzji, gdy przepisy nie wymagają odrębności rozliczeń.

Zmiana statusu przedsiębiorcy w toku realizacji inwestycji w Polskiej Strefie Inwestycji, po wydaniu decyzji o wsparciu, nie wpływa na wskaźnik intensywności pomocy publicznej ani wysokość przysługującego zwolnienia z podatku CIT, ustalaną na dzień przyznania pomocy.

Podatnik, dokonując kalkulacji maksymalnej kwoty zwolnienia podatkowego na podstawie art. 21 ust. 1 pkt 63b ustawy o PDOF, powinien ujmować wydatki inwestycyjne w momencie ich faktycznego poniesienia (kasowo), zważywszy na ścisłą wykładnię zwolnień podatkowych oraz istniejące orzecznictwo.

Przychody i koszty uzyskania związane ze sprzedażą oprzyrządowania, służącego produkcji wyrobów zwolnionych, stanowią element kalkulacyjny zwolnionej działalności gospodarczej na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34 i 34a ustawy o CIT, o ile działalność ta jest bezpośrednio powiązana z działalnością prowadzoną na terenie strefy w oparciu o uzyskane zezwolenia/ decyzje.

Zwolnienie z podatku dochodowego na podstawie art. 21 ust. 1 pkt 63b ustawy o PIT dotyczy wyłącznie dochodu uzyskanego z realizacji nowej inwestycji, wyodrębnionego zgodnie z kryteriami funkcjonalnymi i ekonomicznymi, a wspólne koszty alokuje się wg klucza przychodowego.

Brak obowiązku kalkulacji i wpłaty zaliczek CIT w trakcie roku podatkowego od dochodów prowadzonej działalności gospodarczej w specjalnej strefie ekonomicznej, gdyż wartość dostępnego zwolnienia podatkowego przed dniem faktycznego udzielenia pomocy nie jest możliwa do precyzyjnego określenia.

Koszty uzyskania przychodu ponoszone przez spółkę w związku z zamkniętą dywizją w specjalnej strefie ekonomicznej, po formalnym wygaśnięciu zezwoleń, mogą być kwalifikowane jako koszty działalności opodatkowanej, z wyłączeniem amortyzacji budynku i strat niezamortyzowanych środków trwałych, które utraciły przydatność gospodarczą. Wygaśnięcie zezwolenia jest jednoznaczne z momentem złożenia wniosku

Nakłady związane z zakupem i montażem instalacji fotowoltaicznej, które nie zostały określone w dokumentacji PSI jako część nowej inwestycji, nie mogą być traktowane jako koszty kwalifikowane do objęcia pomocą publiczną w formie zwolnienia podatkowego, gdyż nie przyczyniają się do zwiększenia zdolności produkcyjnych ani do dywersyfikacji produkcji.

Wyroki TSUE nie stoją na przeszkodzie krajowym regulacjom odpowiedzialności członków zarządu za zaległości podatkowe spółki, pod warunkiem, że mogą oni skutecznie kwestionować ustalenia organu w procedurach dotyczących ich odpowiedzialności.

Wydatek na nabycie maszyn i urządzeń od podmiotu powiązanego, dokonany po cenie rynkowej, może stanowić koszt kwalifikowany nowej inwestycji w rozumieniu § 8 rozporządzenia ws. pomocy publicznej, na cel zwolnienia określonego w art. 17 ust. 1 pkt 34a u.p.d.o.p., pod warunkiem spełnienia przesłanek formalnych i materiałowych określonych w prawie podatkowym.

Koszt nabycia systemu ERP, stanowiący cenę nabycia wartości niematerialnych związanych z transferem technologii, kwalifikuje się do objęcia wsparciem jako koszt nowej inwestycji, zgodnie z § 8 ust. 1 pkt 1 lit. d rozporządzenia w sprawie pomocy publicznej.

Przychody i koszty wynikające z umów faktoringu, związanych z wierzytelnościami z działalności zwolnionej z opodatkowania, przypisuje się do działalności opodatkowanej, ponieważ umowy te nie są integralną częścią działalności objętej wsparciem, co wyklucza ich zwolnienie na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34a UPDOP.

Wydatki na budowę hali, instalacje oraz zagospodarowanie terenu, spełniające kryteria funkcjonalne i formalne określone w przepisach, mogą stanowić koszty kwalifikowane do objęcia zwolnieniem z podatku dochodowego w ramach wsparcia dla nowych inwestycji zgodnie z art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o CIT.

Wydatki związane z budową części Hali produkcyjno-logistycznej, które mają bezpośrednie przełożenie na produkcję, stanowią koszty kwalifikowane umożliwiające uzyskanie wsparcia w formie zwolnienia podatkowego, zgodnie z § 8 ust. 1 rozporządzenia Rady Ministrów. Wydatki na części pomocnicze, jak aneks kuchenny, nie są kosztami kwalifikowanymi.

Dochody zwolnione z podatku obejmują te uzyskane z działalności na terenie inwestycji określonej w decyzji o wsparciu, przy czym nabywanie komponentów od zewnętrznych dostawców nie wpływa na prawo do zwolnienia; jednak czynności produkcyjne poza tym terenem, jak szycie pokrowców, muszą być wydzielone, gdyż nie podlegają zwolnieniu.

Wygaśnięcie decyzji o wsparciu na skutek złożenia wniosku przez przedsiębiorcę powoduje utratę prawa do zwolnienia podatkowego z art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy CIT od dnia doręczenia tego wniosku właściwemu organowi, jako że decyzja ma charakter deklaratoryjny i bezprzedmiotowość następuje z dniem złożenia wniosku.

Dochody uzyskane z działalności produkcyjnej prowadzonej w Specjalnej Strefie Ekonomicznej, której częściowy proces odbywa się poza nią, lecz służący celom marginalnym, podlegają zwolnieniu podatkowemu według art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o CIT. W ramach rozliczania kosztów wspólnych należy stosować zasadę proporcjonalnego ich podziału względem uzyskanych przychodów strefowych i pozastrefowych.

Dochód uzyskany z działalności gospodarczej wykonywanej w ramach specjalnej strefy ekonomicznej jest zwolniony z opodatkowania, gdy spełnia warunki określone w decyzji o wsparciu. Koszty transportu, amortyzacyjne oraz wynikające z różnic kursowych i kredytów powinny być przypisane do działalności strefowej, o ile są bezpośrednio związane z nową inwestycją, a ich proporcjonalne rozliczanie opiera się

Zmiana składu wspólników w spółce jawnej nie wpływa na prawo do stosowania zwolnienia podatkowego z art. 21 ust. 1 pkt 63b ustawy o PIT przez uczestników w proporcji odpowiadającej ich udziałowi w zyskach.

Zwrotne koszty kwalifikowane na nowe inwestycje, które uzależniają prawo do zwolnienia podatkowego, muszą zostać faktycznie poniesione i ujawnione jako środki trwałe w ewidencji. Zwolnienie może być realizowane od momentu generowania dochodów z działalności powstałej na podstawie tych inwestycji, a nie wyłącznie na etapie ponoszenia kosztów.

Przychody i koszty związane z obrotem paletami, jako integralnymi elementami transportu wyrobów gotowych, mogą być kwalifikowane do dochodu objętego zwolnieniem z opodatkowania, zgodnie z art. 17 ust. 1 pkt 34a Ustawy o CIT, jeśli pozostają w ścisłym związku z działalnością objętą wsparciem dla nowej inwestycji.