Gminie jako podatnikowi VAT przysługuje prawo do częściowego odliczenia podatku naliczonego z zakupów zrealizowanych w związku z projektem, jednakże tylko w odniesieniu do tej części, która przypada na działalność opodatkowaną, nawet jeżeli jego skala jest marginalna.

Rekompensata wypłacana Operatorom publicznego transportu zbiorowego przez Gminę, służąca pokryciu strat związanych ze świadczeniem tych usług, nie stanowi wynagrodzenia podlegającego opodatkowaniu VAT. Nie wchodzi w zakres podstawy opodatkowania w myśl art. 29a ust. 1 ustawy o podatku od towarów i usług oraz art. 73 Dyrektywy 2006/112/WE.

Rekompensata wypłacana przez organizatora publicznego transportu zbiorowego operatorowi z tytułu świadczenia usług transportowych, która służy wyrównaniu kosztów działalności, nie stanowi obrotu w świetle art. 29a ust. 1 ustawy o VAT, i tym samym nie podlega opodatkowaniu VAT.

Rekompensata otrzymywana za świadczenie usług publicznego transportu zbiorowego, nie stanowi wynagrodzenia za usługi i nie ma bezpośredniego wpływu na cenę usług. Tym samym, nie podlega opodatkowaniu VAT oraz nie wpływa na prawo do pełnego odliczenia podatku naliczonego.

Zwolnienie z opodatkowania na podstawie art. 9 pkt 11 lit. d) ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych.

Uznanie nieodpłatnego udostępnienia autobusów na podstawie umowy cywilnoprawnej związkowi za czynność niepodlegającą opodatkowania oraz braku uznania wnioskodawcy za podatnika z tytułu wykonywania tych czynności.

Brak opodatkowania nieodpłatnego udostępnienia Spółce nabytych w ramach realizacji Projektu autobusów i urządzeń, brak prawa do odliczenia podatku naliczonego od wydatków na realizację Projektu.