Rekompensata wypłacana przez organizatora publicznego transportu zbiorowego operatorowi z tytułu świadczenia usług transportowych, która służy wyrównaniu kosztów działalności, nie stanowi obrotu w świetle art. 29a ust. 1 ustawy o VAT, i tym samym nie podlega opodatkowaniu VAT.

Bony XY w programie partnerskim są bonami różnego przeznaczenia i ich transfer nie podlega VAT. Opodatkowaniu podlega dopiero faktyczna dostawa towarów lub świadczenie usług przy wykorzystaniu tych bonów jako formy zapłaty. Partnerzy mają prawo do odliczenia VAT z tytułu opłaty rozliczeniowej Operatora, jako wydatku związanego z opodatkowaną działalnością.

Podatnikowi, w ramach prowadzonej działalności rolniczej, przysługuje prawo do odliczenia całości podatku naliczonego z faktur za zakupy dokonywane w celach opodatkowanych VAT, o ile dokonane wydatki bezpośrednio lub pośrednio wspierają działalność podlegającą opodatkowaniu.

Podatnik VAT świadczący opodatkowane usługi transportu publicznego ma prawo odliczyć pełną kwotę podatku VAT naliczonego od wydatków, pomimo powiązania z rekompensatą, o ile wydatki te służą wyłącznie działalności gospodarczej opodatkowanej, zgodnie z art. 86 ust. 1 ustawy o VAT.

Rekompensata otrzymywana przez spółkę od gminy za wykonywanie zadań w zakresie przewozu osób nie stanowi podstawy opodatkowania VAT, ponieważ nie jest związana bezpośrednio z ceną usług. Spółka nie ma obowiązku wystawiania faktur VAT, lecz możliwe jest dokumentowanie rekompensaty notą księgową.