W procedurze VAT-marża kwota nabycia, o której mowa w art. 120 ust. 1 pkt 6 ustawy o VAT, obejmuje wyłącznie składniki wynagrodzenia zapłacone lub należne dostawcy odsprzedawanego towaru. Opłaty aukcyjne, obsługowe oraz koszty transportu należne podmiotowi trzeciemu nie pomniejszają marży, nawet gdy są obowiązkowe i bezpośrednio związane z nabyciem oznaczonego pojazdu.

Podatnik może opodatkować w procedurze VAT-marża sprzedaż używanej przyczepy nabytej od osoby fizycznej niebędącej podatnikiem VAT, jeżeli już w chwili nabycia zamierzał ją odsprzedać, mimo że przed sprzedażą czasowo wykorzystywał ją w odpłatnym wynajmie. Jeżeli kwota sprzedaży jest niższa od kwoty nabycia, ujemna marża nie generuje podatku VAT należnego.

Podatnik nie może stosować procedury VAT-marża przy sprzedaży używanych pojazdów uprzednio zaimportowanych w innym państwie członkowskim i następnie przemieszczonych do Polski, gdyż przemieszczenie to stanowi WNT własnych towarów, niewskazane w zamkniętym katalogu art. 120 ust. 10 ustawy o VAT. Usługi portowe nabywane od zagranicznych kontrahentów rozlicza natomiast jako import usług w Polsce zgodnie

W procedurze VAT-marża kwotę nabycia, o której mowa w art. 120 ust. 1 pkt 6 ustawy o VAT, stanowią wyłącznie składniki wynagrodzenia należne dostawcy towaru używanego. Obowiązkowe i bezpośrednio związane z zakupem pojazdu opłaty, udokumentowane fakturą wystawioną przez podmiot inny niż jego dostawca, nie powiększają kwoty nabycia, nawet gdy zostały objęte jedną płatnością i warunkują wydanie pojazdu

Podatnik może zastosować procedurę opodatkowania marży z art. 120 ust. 4 ustawy o VAT do sprzedaży używanych samochodów uprzednio wykorzystywanych jako środki trwałe, jeżeli nabył je od podmiotów wskazanych w art. 120 ust. 10, przy nabyciu nie wystąpił podatek naliczony, a zamiar ich dalszej odsprzedaży istniał już w chwili nabycia, choćby był celem dodatkowym.

W procedurze VAT-marża kwotę nabycia, o której mowa w art. 120 ust. 1 pkt 6 ustawy o VAT, stanowią wyłącznie składniki wynagrodzenia otrzymane lub należne dostawcy używanego towaru. Opłata aukcyjna oraz koszt transportu należne odrębnemu podmiotowi, choćby powiązanemu ze sprzedawcą i funkcjonalnie związanemu z nabyciem pojazdu, nie powiększają kwoty nabycia.

Spółka, sprzedając używany samochód osobowy nabyty od osoby fizycznej niebędącej podatnikiem VAT, po jego wcześniejszym użytkowaniu jako środek trwały, ma prawo zastosować procedurę VAT-marża, pod warunkiem nabycia pojazdu z zamiarem odsprzedaży, w zgodzie z art. 120 ust. 4 ustawy o VAT.

Opłaty dodatkowe, mimo obowiązkowego charakteru dla nabycia pojazdu, nie mogą być zaliczone do "kwoty nabycia" w rozumieniu art. 120 ustawy o VAT, gdyż są należne niezależnym podmiotom innym niż dostawca towaru; procedura VAT-marża obejmuje wyłącznie kwotę nabycia należną sprzedawcy.

Koszty dotyczące obsługi pojazdu, dokumentów oraz opłaty aukcyjnej, będące warunkiem niezbędnym nabycia pojazdu z platformy A., stanowią integralny element kwoty nabycia używanego pojazdu dla celów procedury VAT-marża, zgodnie z art. 120 ust. 1 pkt 6 ustawy o VAT.

Dla transakcji sprzedaży towarów używanych w ramach procedury VAT-marża, podstawę opodatkowania stanowi suma marż (dodatnich i ujemnych) osiągniętych w danym okresie rozliczeniowym. Nie jest wymagane rozliczanie marż dla indywidualnych transakcji.

Koszty związane z obsługą dokumentów, opłatami aukcyjnymi oraz transportem, fakturowane osobno jako import usług, nie mogą być zaliczone do ceny nabycia pojazdu w ramach procedury VAT marża, zgodnie z art. 120 ustawy o VAT i orzecznictwem wskazującym na jednorodność centralno-oddziałową sprzedawcy.

Umowa sprzedaży pojazdu zarejestrowanego w Polsce, pomimo jego chwilowego pobytu za granicą, podlega opodatkowaniu podatkiem od czynności cywilnoprawnych, jeżeli kupujący ma miejsce zamieszkania w Polsce.

Dla celów procedury VAT marża, koszty związane z zakupem pojazdów, takie jak opłaty aukcyjne, dokumentacyjne i transportowe, ponoszone przez nabywcę na rzecz sprzedawcy w ramach jednej transakcji, mogą być uznane za składniki kosztu nabycia, tym samym wpływając na podstawę opodatkowania.

Do kwoty nabycia w systemie VAT marża można zaliczyć wszystkie koszty związane z transakcją, w tym transport i inne opłaty, jeśli są wystawione przez sprzedawcę i stanowią jego wynagrodzenie. Właściwe jest korzystanie z procedury VAT marża, uwzględniając pełne wynagrodzenie pierwotne dostawcy towaru.

Nabycie samochodu osobowego przez podatnika VAT od osoby fizycznej nieprowadzącej działalności gospodarczej podlega opodatkowaniu podatkiem PCC, gdyż sprzedający nie jest podatnikiem VAT z tytułu tej transakcji. Wyłączenie z PCC stosuje się tylko, gdy sprzedający jest podatnikiem VAT. Obowiązek podatkowy spoczywa na kupującym (art. 2 pkt 4 ustawy o PCC).

Zawarta za granicą umowa sprzedaży samochodu, który jest zarejestrowany w Polsce, podlega podatkowi od czynności cywilnoprawnych w Polsce, gdyż rejestracja wskazuje na stałe położenie pojazdu na terytorium Rzeczypospolitej Polskiej.

Procedura VAT-marża nie może być stosowana przez podatnika w sytuacji nabycia towaru używanego jako wewnątrzwspólnotowe nabycie towarów. Opodatkowanie marżą dotyczy wyłącznie przypadków nabycia określonych zamkniętym katalogiem art. 120 ust. 10 ustawy o VAT, co nie obejmuje WNT, skutkując opodatkowaniem na zasadach ogólnych.

Sprzedaż używanego samochodu wprowadzona do ewidencji środków trwałych, przy braku prawa do odliczenia VAT przy jego nabyciu, może być opodatkowana w systemie VAT-marża, pod warunkiem spełnienia przesłanek określonych w art. 120 ust. 4 i 10 ustawy o VAT.

Podatnik dokonujący wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów nie jest uprawniony do zastosowania procedury VAT-marża przy ich dalszej sprzedaży, gdyż takie nabycie nie spełnia warunków zamkniętego katalogu sytuacji umożliwiających tę metodę opodatkowania.

Kwotę nabycia używanych części samochodowych pochodzących z demontażu, w celu zastosowania procedury VAT marża, należy obliczać według klucza wagowego, tj. udziału masy części w masie całego pojazdu, nie zaś na podstawie szacunkowej wartości rynkowej części.

Sprzedaż używanych części samochodowych nabytych od osób niebędących podatnikami VAT może podlegać opodatkowaniu w procedurze VAT-marża, pod warunkiem spełnienia wymogów art. 120 ustawy o VAT, jednak marżę oblicza się na podstawie różnicy między kwotą sprzedaży a nabycia poszczególnych części, nawet jeśli prowadzi to do ujemnej wartości.

Sprzedaż wraku pojazdu nabytego na fakturę VAT marża przez przedsiębiorcę może być opodatkowana procedurą VAT-marża, jeśli wrak ten spełnia definicję towaru używanego, przewidzianą w art. 120 ustawy o podatku od towarów i usług, oraz zakup został dokonany z zamiarem późniejszej odsprzedaży.