Opodatkowaniu podatkiem od czynności cywilnoprawnych będzie podlegać część transakcji dotycząca naniesień będących własnością podmiotu trzeciego, które nie są uznawane za dostawę towarów na gruncie ustawy o podatku od towarów i usług.
Transakcja sprzedaży nieruchomości w zakresie obejmującym naniesienia będące własnością podmiotów innych niż przedsiębiorstwo przesyłowe, posadowione na działkach należących do zbywcy, podlega opodatkowaniu podatkiem od czynności cywilnoprawnych, za które odpowiedzialność podatkową ponosi nabywca, zgodnie z przepisami ustawy o PCC.
Koszty uzyskania przychodów, które uległy konkretyzacji przed dniem podziału spółki przez wydzielenie, nie mogą być przeniesione na podmiot przejmujący w ramach sukcesji podatkowej zgodnie z art. 93c Ordynacji podatkowej. Przeniesienie takich kosztów nie podlega sukcesji, ponieważ nie pozostają one w związku z przejmowanymi składnikami majątku na dzień wydzielenia.
Zwolnienie podatkowe przewidziane w art. 21 ust. 1 pkt 28 ustawy o PIT stosuje się wyłącznie do przychodów z odpłatnego zbycia gruntów, które nie utraciły charakteru rolnego i wchodzą w skład gospodarstwa rolnego. Sprzedaż lasów, jako nie będących częścią gospodarstwa rolnego, nie korzysta z tego zwolnienia.
Sprzedaż nieruchomości, w zakresie naniesień będących własnością podmiotów trzecich (innych niż przedsiębiorstwa przesyłowe), podlega opodatkowaniu podatkiem PCC. Transakcja ta nie korzysta z wyłączenia na podstawie art. 2 pkt 4 ustawy o PCC, gdyż naniesienia te nie są przedmiotem opodatkowania VAT.
Sprzedaż niezabudowanych działek gruntu przez osobę fizyczną, która nie prowadzi działalności gospodarczej i nie podejmuje działań wykraczających poza zakres zarządu majątkiem prywatnym, nie jest opodatkowana podatkiem VAT jako działalność gospodarcza, niezależnie od uzyskania pozwoleń przez nabywcę.
Sprzedaż nieruchomości dokonana w ramach transakcji, której część podlega opodatkowaniu VAT, jest wyłączona z opodatkowania PCC, z wyjątkiem naniesień stanowiących własność podmiotu nieprzesyłowego, które – jako część składowa gruntu Zbywcy – podlegają PCC.
Transakcja zbycia nieruchomości nie stanowi zbycia przedsiębiorstwa lub jego zorganizowanej części, lecz jest dostawą towarów podlegającą opodatkowaniu VAT. Kluczowym czynnikiem jest brak wyodrębnienia organizacyjnego i finansowego składników transakcji w przedsiębiorstwie zbywcy, co wyklucza klasyfikację jako zorganizowaną część przedsiębiorstwa.
Sprzedaż nieruchomości w ramach transakcji nie podlega opodatkowaniu podatkiem od czynności cywilnoprawnych, jeżeli transakcja zostanie opodatkowana podatkiem od towarów i usług poprzez rezygnację ze zwolnienia, zgodnie z art. 2 pkt 4 ustawy o PCC.
Zbycie nieruchomości handlowych przez spółkę w ramach sprzedaży portfela nie stanowi zbycia przedsiębiorstwa ani zorganizowanej części przedsiębiorstwa. W konsekwencji transakcja podlega opodatkowaniu VAT jako dostawa towarów, a nie jest wyłączona spod przepisów ustawy o VAT na podstawie art. 6 ust. 1.