Środki z FGŚP przyznane jako dofinansowanie wynagrodzeń stanowią przychód podatkowy, jednakże środki te w przypadku działalności strefowej kwalifikowane są jako przychody z działalności prowadzonej w specjalnej strefie ekonomicznej i są wolne od podatku dochodowego od osób prawnych na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy o PDOP.
Możliwość zastosowania 0% stawki podatku VAT dla dostawy środków ochrony indywidualnej.
Możliwość zaliczenia do kosztów uzyskania przychodów kary umownej związanej z opóźnieniem w dostawie towaru i wykonaniu usługi.
Ustalenie, czy praca zdalna wykonana przez pracowników podczas pandemii COVID-19 oraz praca zdalna wykonana przez pracowników po pandemii COVID-19 powoduje niemożnośc korzystania z zwolnienia przedmiotowego z SSE
Ustalenie czy zwolnieniu z art. 17 ust. 1 pkt 34 CIT, będzie podlegał cały dochód z realizacji działalności wskazanej w Zezwoleniu, w przypadku realizacji przez pracowników pracy w systemie zdalnym lub w systemie hybrydowym w okresie trwania stanu epidemii i zagrożenia epidemicznego oraz po ustaniu stanu zagrożenia epidemicznego.
Brak prawa do odzyskania podatku VAT związanego z realizacją projektu.
Opodatkowanie wynagrodzenia należnego od Narodowego Funduszu Zdrowia pomniejszonego o wartość środków otrzymanych na pokrycie kosztów wynagrodzeń. Obowiązek wystawiania faktur korygujących in minus. Odstąpienie od wystawiania faktur korygujących i dokumentowania zmiany kwoty należnego wynagrodzenia innym niż faktura dokumentem księgowym. Obowiązek pomniejszenia podstawy opodatkowania w ewidencji sprzedaży