Podatnik VAT świadczący opodatkowane usługi transportu publicznego ma prawo odliczyć pełną kwotę podatku VAT naliczonego od wydatków, pomimo powiązania z rekompensatą, o ile wydatki te służą wyłącznie działalności gospodarczej opodatkowanej, zgodnie z art. 86 ust. 1 ustawy o VAT.

Rekompensata otrzymywana przez spółkę od gminy za wykonywanie zadań w zakresie przewozu osób nie stanowi podstawy opodatkowania VAT, ponieważ nie jest związana bezpośrednio z ceną usług. Spółka nie ma obowiązku wystawiania faktur VAT, lecz możliwe jest dokumentowanie rekompensaty notą księgową.

Usługi doradcze w zakresie IT wykluczają możliwość korzystania ze zwolnienia podmiotowego z VAT na podstawie art. 113 ust. 13 pkt 2 lit. b ustawy o VAT. Podatnik miał obowiązek rejestracji jako czynny podatnik VAT od rozpoczęcia działalności.

Gmina refakturując media powinna stosować stawki VAT zgodne z fakturami dostawców mediów. Przysługuje jej zatem prawo do pełnego odliczenia VAT naliczonego, gdyż dokonuje odsprzedaży według wyjściowych stawek VAT, a zakupy te wykorzystywane są w działalności podlegającej opodatkowaniu VAT.