Nadwyżka z dofinansowania projektu badawczo-rozwojowego, wynikająca z niższych wydatków poniesionych w ramach rozliczeń uproszczonych, korzysta ze zwolnienia z CIT na mocy art. 17 ust. 1 pkt 47 i 52 ustawy o CIT, gdyż pochodzi ze środków europejskich i krajowych. Zwolnienie dotyczy całego dofinansowania, niezależnie od oszczędności.

Podmiot realizujący projekt współfinansowany ze środków unijnych, wykorzystujący towary i usługi wyłącznie do czynności zwolnionych z VAT, nie posiada prawa do odliczenia ani odzyskania podatku VAT naliczonego od tych wydatków.