Prawo do odliczenia VAT naliczonego powstaje z chwilą faktycznego otrzymania faktury, wystawionej poza KSeF, gdy spełnione są materialne przesłanki z art. 86 ustawy o VAT, a późniejsze przesłanie faktury do KSeF nie wpływa na ten moment.

Dokumenty EDI i Wizualizacje PDF stanowiące wizualizacje faktur ustrukturyzowanych mogą być traktowane jako odrębne pustą faktury, jeśli ich treść lub sposób prezentacji wprowadza w błąd i odbiega od zgodności z danymi zawartymi na fakturze ustrukturyzowanej w KSeF.

Wizualizacje faktur ustrukturyzowanych z kodem QR nie stanowią osobnych faktur i jako takie nie rodzą ryzyka podwójnego opodatkowania, a faktury wystawione poza KSeF, spełniające materialne warunki, mogą być podstawą do odliczenia VAT.

Brak wystawienia faktur w KSeF przez podatników zobowiązanych do jego stosowania nie wpływa na prawo odbiorcy tych faktur do odliczenia podatku naliczonego, o ile faktury te dokumentują rzeczywiste transakcje gospodarcze oraz spełniają materialne przesłanki odliczenia przewidziane w ustawie o podatku od towarów i usług.