Dofinansowanie wynagrodzeń pracowników ze środków FGŚP stanowi przychód podatkowy. Jednakże, kiedy związane jest z działalnością na terenie specjalnej strefy ekonomicznej, może to być przychód zwolniony z opodatkowania na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy o CIT, gdyż jest związany z działalnością prowadzoną w ramach strefy.

Przychód ze zwrotu kosztów związanych z wadliwymi wyrobami nie korzysta z podatkowego zwolnienia strefowego, a refundacja wydatków na świadczenia gwarancyjne stanowi przychód podlegający opodatkowaniu, zgodnie z art. 12 ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych.

Dodatnie różnice kursowe od zobowiązań Spółki, których nie można przypisać do Działalności strefowej, stanowią przychód pozastrefowy opodatkowany zgodnie z ogólnymi zasadami CIT, natomiast ujemne różnice kursowe traktowane są jako koszty wspólne, alokowane według klucza przychodowego w myśl art. 15 ust. 2 ustawy CIT.

Wynagrodzenie z tytułu transferu projektów poza teren SSE stanowi przychód pozastrefowy, zgodnie z art. 7 CIT, a koszty uzyskania przychodów obejmują jedynie koszty związane bezpośrednio z przychodami pozastrefowymi, nie uwzględniając m.in. kosztów pozbawionych związku z uzyskaniem przychodu, zgodnie z art. 15 ust. 1 CIT.

Wynagrodzenie uzyskane z tytułu transferu projektów "Exit fee" nie jest przychodem strefowym zwolnionym z opodatkowania, lecz podlega opodatkowaniu jako przychód pozastrefowy. Koszty związane z przeniesieniem projektów mogą być zaliczone do kosztów uzyskania przychodów tylko wtedy, gdy spełniają warunki określone w art. 15 ustawy o CIT, z wyłączeniem kosztów roszczeń pracowniczych i zerwania kontraktów

Odszkodowanie otrzymane w związku z uszkodzeniem i utraconymi korzyściami na terenie SSE nie stanowi przychodu zwolnionego z podatku zgodnie z art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy o CIT, gdyż nie bezpośrednio wynika z działalności objętej zezwoleniem strefowym, lecz z pokrywania szkód przez ubezpieczyciela.

Działalność Spółki w zakresie projektów badawczo-rozwojowych kwalifikuje się jako działalność badawczo-rozwojowa w rozumieniu art. 4a pkt 26 ustawy o CIT, co uprawnia Spółkę do korzystania z ulgi B+R poprzez odliczenie kosztów wynagrodzeń w proporcji przypisanej do działalności B+R od podstawy opodatkowania.

Dofinansowanie otrzymane na podstawie art. 15g i 15gg Ustawy o COVID-19, w zakresie wynagrodzeń pracowników związanych z działalnością strefową, stanowi przychód zwolniony z podatku dochodowego. Wpływy z działalności pozastrefowej stanowią przychód podlegający opodatkowaniu podatkiem dochodowym na zasadach ogólnych.

Otrzymane dofinansowanie na podstawie art. 15g i 15gg Ustawy o Covid-19, w części dotyczącej działalności strefowej, stanowi przychód związany z działalnością na terenie SSE i jest zwolnione, zaś uznanie takich przychodów i kosztów wymaga odpowiedniej alokacji opartej na proporcji przychodowej.

Podatnik, niewykończający limitu pomocy publicznej na działalność w SSE, nie może skutecznie wybrać opodatkowania estońskim CIT. Dodanie przesłanek formalnych warunkuje nieskuteczność uprzednio złożonego zawiadomienia o wyborze ryczałtu, umożliwiając ponowną deklarację przy spełnieniu ustawowych warunków.

Limit kosztów świadczeń niematerialnych, o którym mowa w art. 15e ust. 1 ustawy o CIT, należy wyliczać bez uwzględnienia przychodów oraz kosztów uzyskania przychodów ze źródeł wolnych od opodatkowania CIT. Koszty związane z działalnością zwolnioną winny być pominięte w kalkulacji podatkowej EBITDA na potrzeby ustalania tego limitu.

Stwierdzenie wygaśnięcia zezwolenia na działalność w SSE zgodnie z art. 19 ust. 5 pkt 3 UoSSE, nie obliguje do zwrotu pomocy publicznej. Po wygaśnięciu zezwolenia, spółka, spełniając wymogi, może wybrać opodatkowanie ryczałtem od dochodów spółek (tzw. „CIT estoński”) w bieżącym roku podatkowym.

Wynagrodzenie otrzymane za zobowiązanie się do wyłącznego zakupu komponentów od kontrahenta nie stanowi przychodu zwolnionego z opodatkowania na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy o CIT, jako że nie jest bezpośrednim następstwem działalności gospodarczej prowadzonej na terenie specjalnej strefy ekonomicznej zgodnie z zezwoleniem.

Usługi wsparcia sprzedaży nabywane od podmiotów powiązanych od 1 stycznia 2019 r. podlegają limitowaniu w zaliczaniu do kosztów uzyskania przychodów na mocy art. 15e ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych jako usługi podobne do doradczych. Ograniczenia nie obejmują kosztów uwzględnianych w działaniach strefowych wolnych od podatku.

Przychody i koszty uzyskania związane ze sprzedażą oprzyrządowania, służącego produkcji wyrobów zwolnionych, stanowią element kalkulacyjny zwolnionej działalności gospodarczej na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34 i 34a ustawy o CIT, o ile działalność ta jest bezpośrednio powiązana z działalnością prowadzoną na terenie strefy w oparciu o uzyskane zezwolenia/ decyzje.

Koszty finansowania dłużnego, wyłączone z kosztów uzyskania przychodów na mocy art. 15c ust. 1 CIT, mogą być rozliczane w kolejnych pięciu latach według zasady FIFO. Dla kosztów obejmujących działalność opodatkowaną i zwolnioną stosuje się proporcję alokacji z roku ich powstania, nie bieżący klucz alokacji.

Przywóz kabli podmorskich na obszar Polskiej Wyłącznej Strefy Ekonomicznej, która nie jest terytorium kraju w rozumieniu ustawy o VAT, nie stanowi importu i nie podlega obowiązkowi rozliczenia podatku należnego, jeśli nie powstaje dług celny.

Ograniczenia wynikające z art. 15e ustawy o CIT nie mają zastosowania do kosztów związanych z działalnością zwolnioną z opodatkowania, a alokacja kosztów powinna być dokonana proporcjonalnie wg klucza określonego w art. 15 ust. 2 i 2a dla części działalności opodatkowanej. Potwierdza to wykładnia językowa i systemowa ustawy.

Zmiana statusu przedsiębiorstwa z małego na średniego w trakcie realizacji inwestycji w SSE nie wpływa na wysokość przysługującej pomocy publicznej ustalonej na dzień wydania zezwolenia strefowego, zgodnie z art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy CIT. Intensywność pomocy pozostaje niezmienna przez cały okres realizacji inwestycji.

Składki na ubezpieczenia majątku i utraconych korzyści oraz odszkodowania z tytułu zdarzeń losowych, jako związane z działalnością w Specjalnej Strefie Ekonomicznej, stanowią koszty i przychody uzyskane z tej działalności, podlegające zwolnieniu podatkowemu. Organizacja spełnia wymogi art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych.

Wydatki na nabycie nieruchomości gruntowej od podmiotu powiązanego, poniesione po uzyskaniu decyzji o wsparciu, mogą być uznane za koszty kwalifikowane w rozumieniu § 8 ust. 1 Rozporządzenia, wpływając na wysokość przysługującej pomocy publicznej w formie zwolnienia z CIT. Stanowisko to spełnia kryteria zgodnie z ustawą o wspieraniu nowych inwestycji.

Odszkodowanie otrzymane przez przedsiębiorcę prowadzącego działalność w specjalnej strefie ekonomicznej, związane z indywidualną polisą ubezpieczeniową, nie korzysta ze zwolnienia z podatku dochodowego, gdyż nie jest bezpośrednim dochodem z działalności gospodarczej określonej w zezwoleniu strefowym.

Przy kalkulacji wskaźnika dochodowości, na podstawie art. 24ca ust. 1 pkt 2 ustawy o CIT, uwzględnia się całość dochodów, w tym zwolnionych z opodatkowania, co odzwierciedla pełną efektywność ekonomiczną przedsiębiorstwa i odpowiada celowi regulacji.

Wydatki z tytułu usług świadczonych przez podmiot powiązany mogą być zaliczone do kosztów uzyskania przychodów bez zastosowania ograniczeń, o których mowa w art. 15e ust. 1 ustawy o CIT, jeżeli usługi te nie są wymienione w ustawie oraz są bezpośrednio związane z przychodami podatnika.