Stwierdzenie wygaśnięcia zezwolenia na działalność w SSE zgodnie z art. 19 ust. 5 pkt 3 UoSSE, nie obliguje do zwrotu pomocy publicznej. Po wygaśnięciu zezwolenia, spółka, spełniając wymogi, może wybrać opodatkowanie ryczałtem od dochodów spółek (tzw. „CIT estoński”) w bieżącym roku podatkowym.

Wynagrodzenie otrzymane za zobowiązanie się do wyłącznego zakupu komponentów od kontrahenta nie stanowi przychodu zwolnionego z opodatkowania na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy o CIT, jako że nie jest bezpośrednim następstwem działalności gospodarczej prowadzonej na terenie specjalnej strefy ekonomicznej zgodnie z zezwoleniem.

Usługi wsparcia sprzedaży nabywane od podmiotów powiązanych od 1 stycznia 2019 r. podlegają limitowaniu w zaliczaniu do kosztów uzyskania przychodów na mocy art. 15e ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych jako usługi podobne do doradczych. Ograniczenia nie obejmują kosztów uwzględnianych w działaniach strefowych wolnych od podatku.

Przychody i koszty uzyskania związane ze sprzedażą oprzyrządowania, służącego produkcji wyrobów zwolnionych, stanowią element kalkulacyjny zwolnionej działalności gospodarczej na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34 i 34a ustawy o CIT, o ile działalność ta jest bezpośrednio powiązana z działalnością prowadzoną na terenie strefy w oparciu o uzyskane zezwolenia/ decyzje.

Koszty finansowania dłużnego, wyłączone z kosztów uzyskania przychodów na mocy art. 15c ust. 1 CIT, mogą być rozliczane w kolejnych pięciu latach według zasady FIFO. Dla kosztów obejmujących działalność opodatkowaną i zwolnioną stosuje się proporcję alokacji z roku ich powstania, nie bieżący klucz alokacji.

Przywóz kabli podmorskich na obszar Polskiej Wyłącznej Strefy Ekonomicznej, która nie jest terytorium kraju w rozumieniu ustawy o VAT, nie stanowi importu i nie podlega obowiązkowi rozliczenia podatku należnego, jeśli nie powstaje dług celny.

Ograniczenia wynikające z art. 15e ustawy o CIT nie mają zastosowania do kosztów związanych z działalnością zwolnioną z opodatkowania, a alokacja kosztów powinna być dokonana proporcjonalnie wg klucza określonego w art. 15 ust. 2 i 2a dla części działalności opodatkowanej. Potwierdza to wykładnia językowa i systemowa ustawy.

Zmiana statusu przedsiębiorstwa z małego na średniego w trakcie realizacji inwestycji w SSE nie wpływa na wysokość przysługującej pomocy publicznej ustalonej na dzień wydania zezwolenia strefowego, zgodnie z art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy CIT. Intensywność pomocy pozostaje niezmienna przez cały okres realizacji inwestycji.

Składki na ubezpieczenia majątku i utraconych korzyści oraz odszkodowania z tytułu zdarzeń losowych, jako związane z działalnością w Specjalnej Strefie Ekonomicznej, stanowią koszty i przychody uzyskane z tej działalności, podlegające zwolnieniu podatkowemu. Organizacja spełnia wymogi art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych.

Wydatki na nabycie nieruchomości gruntowej od podmiotu powiązanego, poniesione po uzyskaniu decyzji o wsparciu, mogą być uznane za koszty kwalifikowane w rozumieniu § 8 ust. 1 Rozporządzenia, wpływając na wysokość przysługującej pomocy publicznej w formie zwolnienia z CIT. Stanowisko to spełnia kryteria zgodnie z ustawą o wspieraniu nowych inwestycji.

Odszkodowanie otrzymane przez przedsiębiorcę prowadzącego działalność w specjalnej strefie ekonomicznej, związane z indywidualną polisą ubezpieczeniową, nie korzysta ze zwolnienia z podatku dochodowego, gdyż nie jest bezpośrednim dochodem z działalności gospodarczej określonej w zezwoleniu strefowym.

Przy kalkulacji wskaźnika dochodowości, na podstawie art. 24ca ust. 1 pkt 2 ustawy o CIT, uwzględnia się całość dochodów, w tym zwolnionych z opodatkowania, co odzwierciedla pełną efektywność ekonomiczną przedsiębiorstwa i odpowiada celowi regulacji.

Wydatki z tytułu usług świadczonych przez podmiot powiązany mogą być zaliczone do kosztów uzyskania przychodów bez zastosowania ograniczeń, o których mowa w art. 15e ust. 1 ustawy o CIT, jeżeli usługi te nie są wymienione w ustawie oraz są bezpośrednio związane z przychodami podatnika.

Wydatki związane z nabyciem nieruchomości wykorzystywanych bezpośrednio w działalności produkcyjnej kwalifikują się jako koszty kwalifikowane nowej inwestycji w rozumieniu przepisów ustawy o wspieraniu nowych inwestycji, podczas gdy wydatki na cele socjalne i administracyjne takiego statusu nie uzyskują.

Dochody wyodrębnione na podstawie zezwoleń w specjalnych strefach ekonomicznych oraz decyzji o wsparciu muszą być ewidencjonowane i rozliczane oddzielnie, zgodnie z odpowiednimi przepisami, co uniemożliwia ich łączenie w jednej ewidencji podatkowej.

Spółka może skorzystać z wyłączenia obowiązku sporządzania lokalnej dokumentacji cen transferowych na podstawie art. 11n pkt 1 Ustawy o CIT dla transakcji dokonanych do 1 stycznia 2026 r., pod warunkiem nieuzyskania dochodów kwalifikowanych. Po tej dacie, posiadanie decyzji o wsparciu skutkuje obligatoryjnością zwolnienia, co wyłącza możliwość skorzystania z powyższego wyłączenia.

Koszty materiału złomowanego, związane z przychodami z odpadu produkcyjnego, powinny być przypisane do działalności pozastrefowej, co implikuje konieczność korekty zeznań CIT-8. Zwolnieniem podatkowym objęte są tylko dochody z działalności określonej w zezwoleniu SSE.

Zmiana statusu przedsiębiorcy z średniego na dużego w trakcie realizacji inwestycji w ramach specjalnej strefy ekonomicznej nie wpływa na wysokość przyznanej intensywności pomocy publicznej ustalonej na dzień wydania zezwolenia.

W przypadku wykorzystania limitu pomocy publicznej przyznanej w decyzji o wsparciu, podatnik, nie osiągający dochodów zwolnionych na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34a CIT, może wybrać opodatkowanie w formie Estońskiego CIT, zgodnie z art. 28k ust. 1 pkt 3 CIT.

Dziesięcioletni termin przedawnienia, wynikający z ustawy o SSE, nie rozszerza pięcioletniego okresu przedawnienia zobowiązań podatkowych przewidzianego w Ordynacji podatkowej dla zobowiązań wynikających z działalności w Specjalnej Strefie Ekonomicznej.

Podatnik prowadzący działalność na terenie specjalnej strefy ekonomicznej, objętą zezwoleniem i decyzją o wsparciu, zobowiązany jest do prowadzenia odrębnych ewidencji rachunkowych dla dochodów z każdego z dokumentów, a zwolnienia podatkowe muszą być rozliczane dla każdego źródła oddzielnie.

Środki otrzymane przez podatnika z Funduszu Gwarantowanych Świadczeń Pracowniczych na dofinansowanie wynagrodzeń pracowników nie stanowią dochodu zwolnionego od opodatkowania na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych, gdyż nie są dochodem bezpośrednio wygenerowanym z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie SSE w ramach zezwolenia.

Dofinansowanie wynagrodzeń z FGŚP, przyznane na prowadzenie działalności w specjalnej strefie ekonomicznej, stanowi przychód zwolniony z opodatkowania podatkiem dochodowym od osób prawnych na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34 updop, jeżeli wykazuje ścisły związek z działalnością określoną w zezwoleniu na prowadzenie działalności gospodarczej w SSE.