Jednostce samorządu terytorialnego, która nie może jednoznacznie przypisać wydatków na media do czynności opodatkowanych VAT, przysługuje prawo do proporcjonalnego odliczenia podatku naliczonego. Wydatki na media związane z mieszkaniem chronionym, jako czynnością niepodlegającą opodatkowaniu, wymagają częściowego odliczenia podatku.

Gmina nie jest uprawniona do odliczenia VAT naliczonego od wydatków związanych z adaptacją na mieszkania wspomagane w ramach zadań własnych, które nie są działalnością gospodarczą. Jednakże, przysługuje jej częściowe odliczenie VAT od wydatków na OZE, realizowane w ramach działalności prosumenta, z zastosowaniem prewspółczynnika.

Część świadczenia na utrzymanie lokalu mieszkalnego przypadająca na osoby tworzące rodzinę zastępczą podlega opodatkowaniu podatkiem dochodowym od osób fizycznych jako przychód z innych źródeł, zaś Ośrodek Pomocy Społecznej nie jest zobowiązany do poboru zaliczek podatkowych od tej części świadczenia.