Fundacja rodzinna, prowadząc działalność inwestycyjną w zakresie określonym w art. 5 ustawy o fundacjach rodzinnych, korzysta ze zwolnienia od podatku dochodowego od osób prawnych na mocy art. 6 ust. 1 pkt 25 ustawy o CIT, przy czym przychody z takiej działalności nie są rozpoznawane dla celów podatkowych.

Wniesienie wierzytelności pożyczkowej do fundacji rodzinnej jest zwolnione z podatku CIT na moment wniesienia, natomiast przyszłe otrzymywanie odsetek od niej jest opodatkowane, gdyż nie mieści się w ramach dopuszczalnej działalności gospodarczej fundacji rodzinnej według art. 6 ust. 1 pkt 25 w związku z art. 6 ust. 7 Ustawy CIT.

W kontekście art. 86 ust. 1 ustawy o VAT, podatnikowi przysługuje prawo do odliczenia VAT z faktur za usługi i koszty związane z transakcjami inwestycyjnymi, o ile te transakcje pośrednio wspierają działalność opodatkowaną VAT podatnika.

Darowizny pieniężne przekazane przez podatnika na rzecz fundacji spełniającej kryteria organizacji pozarządowej prowadzącej działalność pożytku publicznego, mogą zostać odliczone od podstawy opodatkowania podatkiem dochodowym od osób fizycznych, zgodnie z art. 26 ust. 1 pkt 9 ustawy o PIT, pod warunkiem że nie przekraczają 6% dochodu podatnika.

Świadczenia z Fundacji Rodzinnej dla beneficjentów w tzw. grupie zerowej są zwolnione z PIT, a Fundacja nie musi pobierać zaliczek na podatek. Inne świadczenia opodatkowano zryczałtowanym 10% podatkiem.

Fundacja rodzinna, będąc właścicielem wszystkich lokali w budynku, nie podlega opodatkowaniu podatkiem dochodowym od przychodu ze środków trwałych będących budynkami, gdyż lokale te są odrębną własnością, a nie budynkiem w rozumieniu art. 24b ust. 1 ustawy o CIT.

Zwolnienie z CIT fundacji rodzinnej z tytułu sprzedaży lokalu w budynku na gruncie otrzymanym darowizną nie obejmuje mienia wytworzonego przez fundację będącego przedmiotem dalszego zbycia, co wykracza poza art. 5 ustawy o fundacji rodzinnej i art. 6 ust. 7 ustawy o CIT. Fundamentem jest cel stworzenia fundacji, który jest niezgodny z działalnością deweloperską.

Nabycie przez fundację rodzinną mienia w drodze darowizny nie prowadzi do powstania obowiązku podatkowego od spadków i darowizn po stronie takiej fundacji, z uwagi na to, że podatek ten dotyczy wyłącznie osób fizycznych.

Wynajem nieruchomości przez fundację rodzinną podmiotom powiązanym, wykorzystywanym na cele działalności gospodarczej, nie podlega zwolnieniu z podatku dochodowego od osób prawnych, a uzyskane z tego tytułu przychody są opodatkowane na zasadach ogólnych. Fundacja może pomniejszać podatek od świadczeń o kwotę zapłaconego podatku z wynajmu, o ile nie doszło do jego przedawnienia.

Przychody fundatorów i ich dzieci z tytułu świadczeń oraz mienia z fundacji rodzinnej, przy proporcji 100% mienia wniesionego przez fundatorów, podlegają pełnemu zwolnieniu z podatku dochodowego od osób fizycznych na podstawie art. 21 ust. 1 pkt 157 i ust. 49 ustawy o PIT.

Zmiana roku podatkowego Fundacji Rodzinnej jest skuteczna, jeśli modyfikacja statutu dokonana jest przed końcem roku obrotowego w odpowiednim dokumencie oraz jeśli zgłoszenie do sądu rejestrowego jest dokonane w terminie, niezależnie od daty faktycznej rejestracji sądowej.

Fundacja, jako podmiot niebędący czynnym podatnikiem VAT i wykorzystujący nabyte towary oraz usługi do czynności niepodlegających opodatkowaniu, nie posiada prawa do odliczenia podatku VAT, zgodnie z art. 86 ust. 1 oraz art. 88 ust. 4 ustawy o VAT.

Przeniesienie akcji spółki akcyjnej na rzecz fundacji rodzinnej w formie darowizny, bez prawa do odliczenia podatku VAT przy ich nabyciu, nie stanowi czynności opodatkowanej podatkiem od towarów i usług, gdyż nie wypełnia definicji odpłatnej dostawy towarów ani świadczenia usług na mocy ustawy o VAT.

Rok podatkowy fundacji rodzinnej może być zmieniony zgodnie z nowym statutem przed jego rejestracją przez sąd, jeśli zmiana zostanie zgłoszona w zeznaniu podatkowym, a statut przewiduje taką możliwość.

Świadczenia pieniężne otrzymane od fundacji, prowadzącej statutową działalność w sferze pomocy społecznej, są zwolnione z opodatkowania podatkiem dochodowym od osób fizycznych na podstawie art. 21 ust. 1 pkt 79 ustawy o PIT, niezależnie od braku formalnych kryteriów przyznawania świadczeń przez tę organizację.

Fundacja, jako płatnik podatku dochodowego od stypendiów, ma obowiązek wystawiania PIT-11, natomiast nie musi pobierać zaliczek, jeśli student złoży odpowiedni wniosek. W kontekście rezydencji podatkowej cudzoziemców pozwala się na stosowanie oświadczeń, przy założeniu ich zgodności z przepisami Ustawy o PIT, bez wymogu certyfikatów rezydencji, chyba że stosuje się umowy o unikaniu podwójnego opodatkowania

Dochody z użytkowania akcji przez fundację rodzinną nie są zwolnione z opodatkowania na podstawie art. 6 ust. 1 pkt 25 UPDOP, gdyż użytkowanie nie stanowi dozwolonej działalności zgodnie z art. 5 ust. 1 pkt 3 UFR. Wypłata dywidend na rzecz fundacji nakłada obowiązek podatkowy na spółkę jako płatnika.

Czynność cywilnoprawna dokonana przez organizację pożytku publicznego nie kwalifikuje się do zwolnienia z podatku od czynności cywilnoprawnych, jeśli choć częściowo pozostaje w związku z działalnością odpłatną, mimo jej nieodpłatnego charakteru jako całości.

Fundacja, organizując odpłatne wyjazdowe rekolekcje, działa jako podatnik VAT w rozumieniu art. 15 ust. 1 ustawy o VAT; działalność ta nie jest zwolniona na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 31 lit. b) ze względu na niespełnienie wszystkich kryteriów zwolnienia.

Fundacja, prowadząca działalność kulturalną zwolnioną z podatku VAT i niezarejestrowana jako czynny podatnik VAT, nie ma prawa do odliczenia podatku naliczonego od wydatków związanych z utworzeniem miejsc pracy. Brak czynności opodatkowanych wyklucza możliwość odliczenia zgodnie z art. 86 ust. 1 ustawy o VAT.

Świadczenia wypłacane na rzecz zstępnych beneficjentów fundatorów mogą korzystać ze zwolnienia z opodatkowania, pod warunkiem, że beneficjenci są w I lub II grupie podatkowej względem fundatorów. Natomiast dla zstępnych pasierbicy świadczenia te są częściowo opodatkowane, co skutkuje obowiązkiem poboru podatku dochodowego przez fundację jako płatnika.

W sytuacji, gdy projekt realizowany przez fundację jest finansowany częściowo ze środków unijnych, a jego efekty nie są wykorzystywane do czynności opodatkowanych, fundacja nie ma prawa do odliczenia podatku naliczonego, zaś brak rejestracji jako czynny podatnik VAT potwierdza brak takiego uprawnienia.

Dochody fundacji z pożyczek udzielonych spółkom pośrednio zależnym nie korzystają ze zwolnienia CIT zgodnie z art. 6 ust. 1 pkt 25 ustawy CIT, gdyż art. 5 ustawy o fundacji rodzinnej wymaga bezpośredniego posiadania udziałów lub akcji przez fundację.

Podatnikowi, który nie wykorzystuje nabytych towarów i usług do wykonywania czynności opodatkowanych, nie przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego, zgodnie z art. 86 ust. 1 ustawy o VAT, miejsca na czynności niepodlegające opodatkowaniu.